SARS-CoV-2 linija B.1.620 Lietuvoje buvo atrasta ir atpažinta kaip neįprasta atmaina 2021 m. balandį, tačiau, kaip parodė mūsų mokslininkų analizės, neatpažinta Europoje cirkuliavo dar nuo 2021 m. kovo mėnesio.
Išskirtinis šios linijos bruožas buvo daug nepriklausomai įgytų mutacijų, kurių didžioji dalis buvo randamos tuo metu susirūpinimą keliančiose atmainose: Alfa (B.1.1.7), Beta (B.1.351), ir Gama (P.1), bet niekada nepastebėtos kartu viename genome. Dėl to pagrįstai kilo nerimas, kad Lietuvoje galimai cirkuliuoja nauja susirūpinimą galinti kelti atmaina.
23 dienų detektyvas
Mokslininkams įtarimų iškart sukėlė B.1.620 linijos retumas Europoje. Taip neįprastai atrodantys genomai, staiga pasirodantys tik nuo 2021 m. kovo, sutinkami pavieniui keletoje Europos šalių ir dažnai tik tolimai giminingi kitiems B.1.620 genomams toje pačioje valstybėje indikavo, jog ši linija greičiausiai atsirado ne Europoje, o į ją su užsikrėtusiais keliautojais atkeliavo iš kitur.
„Pradėjome įtarti, kad šalis, kurioje atsirado ir paplito ši linija, iki tol atliko mažai sekoskaitos ir negalėjo stebėti visų šios atmainos evoliucijos etapų. Tai pasitvirtino, kai tuo metu žinomas B.1.620 genomas iš Prancūzijos buvo pažymėtas kaip paimtas iš keliautojo atvykusio į Prancūziją iš Kamerūno“, – istoriją pasakoja dr. G. Dudas.
Tada sekė itin įtemptos 23 dienos, per kurias prie besivystančio tyrimo prisijungė dr. Guy Baele, Samuel Hong ir Barney Potter iš Leveno Universiteto (Belgija).
Tiesiogiai susisiekus su B.1.620 genomus į GISAID duombazę įkėlusiais mokslininkais, buvo atrasti dar septyni keliautojai atvykę iš Kamerūno, o prie tyrimo prisijungus mokslininkams iš Roberto Kocho Instituto kartu su savo bendradarbiais iš Pasaulio Gamtos Fondo (angl. World Wildlife Fund, WWF), dirbančių Centrinėje Afrikos Respublikoje prie pasienio su Kamerūnu, buvo aptikti dar šeši B.1.620 atvejai, galutinai patvirtinę B.1.620 linijos sąsajas su centrinės Afrikos regionu.
„Kertinė straipsnio analizė, atlikta Leveno universiteto mokslininkų. Jie atkūrė B.1.620 plitimo kelius Afrikoje naudojantis šios atmainos genomus iš Pusiaujo Gvinėjos, Centrinės Afrikos Respublikos, Kamerūno ir Demokratinės Kongo Respublikos paviešintus GISAID duombazėje tyrimo metu. Šių šalių mokslininkai buvo pakviesti prisijungti prie straipsnio ir prisidėti prie atliekamų tyrimų savo gautais SARS-CoV-2 genomais, taip ne tik pripažįstant šių mokslininkų indėlį atliekant sekoskaitą Afrikoje sudėtingesnėmis sąlygomis nei Lietuvoje, bet ir skatinant kitus Afrikos mokslininkus toliau dalintis sekoskaitos duomenimis“, – aiškina dr. G. Dudas.
Mokslininkas paaiškino, jog visų B.1.620 atvejų protėvis cirkuliavo centrinės Afrikos regione, dar 2020 m. gale ir į Europą atkeliavo keletą kartų, pradedant nuo 2021 m. vasario.
„Anykščių šilelio“ atmainos likimas
B.1.620 pasaulyje labai neįsisiautėjo, nes ją „nugalėjo“ kur kas užkrečiamesnė delta (B.1.617.2) atmaina, aptikta Indijoje panašiu metu, 2021 m. kovo mėnesį.
Prieš išnykdama „Anykščių šilelio“ atmaina pavasarį ir vasarą spėjo sukelti didelį protrūkį Pietų Korėjoje, buvo aptikta keletoje centrinės Afrikos valstybių, pavienių atvejų pasitaikė dar daugiau Europos šalių, taip pat Šiaurės Amerikoje, Azijoje.
B.1.620 gali apeiti imuninį atsaką sudarytą prieš kitas atmainas, taip lengviau užkrečiant skiepytus ar kitomis atmainomis persirgusius asmenis. Nors B.1.620 buvo įtraukta į Europos ligų prevencijos ir kontrolės centro (angl. ECDC) SARS-CoV-2 susidomėjimą keliančių variantų (angl. variant of interest, VOI) sąrašą, šalia C.37 (PSO pavadinimas Lambda) ir B.1.621 (PSO pavadinimas Miu), dėl savo retumo pasaulyje likusi vienintele iš šių atmainų taip ir nesulaukusi PSO pavadinimo, o atsiradus neabejotinų įrodymų, kad B.1.617.2 išties yra užkrečiamesnė nei visos prieš tai cirkuliavusios tmainos, B.1.617.2 linijai PSO 2021 m. gegužę suteikė pavadinimą „delta“.
Delta variantas pasklido po visą Europą ir pasaulį 2021 m. pavasarį ir vasaros pabaigoje, po šios delta bangos neišliko nei viena iki tol cirkuliavusi SARS-CoV-2 linija. Prie to prisidėjo skiepijimo mastai Europoje ir sumažėjęs užsikrėtimų skaičius vasarą, kritiškai sumažinę visus SARS-CoV-2 užsikrėtimus, o natūralus delta perdavimo pranašumas užtikrino, kad bene paskutinioji COVID-19 atvejų banga Europoje galėtų kilti vasarai dar nepasibaigus.
Lietuvoje delta atmaina tapo dominuojančia 2021 m. liepą, o B.1.620 atmaina paskutinį kartą Lietuvoje buvo pastebėta 2021 m. birželio 24 d., pasaulyje – Šveicarijoje 2021 m. rugsėjo 6 d.
Akivaizdi institucijų nesėkmė, ir pamokos Lietuvai
Į Lietuvą B.1.620 atmaina buvo įvežta bent du kartus. Sprendžiant iš SARS-CoV-2 genomų, pirmasis žinomas B.1.620 atvejis Lietuvoje buvo asmuo atvykęs į Tauragės apskritį iš kitos Europos valstybės, izoliavosi (ar bent neužkrėtė didelio skaičiaus savo kontaktų) ir tolimesnių iš šio asmens užsikrėtimo kilusių infekcijų Lietuvoje nebuvo rasta.
Antrasis įvežimas – irgi asmuo atvykęs iš Europos, Anykščių rajono savivaldybėje pradėjęs B.1.620 atmainos sukeltą infekcijų grandinę, kuri iki šios atmainos išnykimo Lietuvoje sukėlė beveik 200 sekoskaita patvirtintų ir virš 400 tiksliniais PGR testais įtariamų B.1.620 atvejų.
„Visame pasaulyje sekoskaita iki šiol dar tik skinasi kelią link platesnio naudojimo užkrečiamųjų ligų kontrolės srityje ir Lietuva nėra išimtis. Iš Anykščių rajono savivaldybės po visą Lietuvą paplitusi B.1.620 atmaina išryškino šio metodo integravimo į sveikatos apsaugos sistemos ateityje būtinybę – nors B.1.620 variantas Anykščių rajono savivaldybėje buvo aptiktas palyginus anksti, visiškai užkardyti kelią šiame Lietuvos regione ilgą laiką lokalizuotai epidemijai atsakingoms institucijoms nepavyko ir įvertinti šią akivaizdžią nesėkmę teko retrospektyviai, per sekoskaitos duomenis“, – sako dr. G. Dudas.
Tyrimą atliko itin tarptautinė komanda – tarp 70 straipsnio autorių figūruoja tiek pagrindinių Lietuvoje sekoskaitą atliekančių ar koordinuojančių institucijų (Vilniaus Universiteto ligoninė Santaros Klinikos, Vilniaus Universiteto Gyvybės Mokslų Centras, Lietuvos Sveikatos Mokslų Universitetas, Lietuvos Sveikatos Mokslų Universiteto ligoninė Kauno Klinikos, Nacionalinė visuomenės sveikatos priežiūros laboratorija) darbuotojai, tiek daugelis užsienio mokslininkų iš Leveno, Utrechto, Kembridžo ir Monpeljė universitetų, Roberto Kocho ir Pastero institutų Vokietijoje ir Prancūzijoje, nacionalinių aboratorijų, ligoninių ir biomedicininių tyrimų centrų Centrinėje Afrikos Respublikoje, Demokratinėje Kongo Respublikoje, Kamerūne, Pusiaujo Gvinėjoje, Šveicarijoje ir Danijoje, bei daugelio kitų įstaigų.
