A.Žalys gimė 1951 m. spalio 26 d. Girininkuose, Šiaulių rajone. 1975 m. baigė lietuvių kalbos ir literatūros studijas Lietuvos konservatorijos Klaipėdos fakultete. Baigęs aspirantūrą Vilniaus universitete, po trejų metų apgynė filologijos mokslų daktaro disertaciją. 1986 m. jam suteiktas mokslinis docento vardas.
Nuo pat Klaipėdos universiteto įsteigimo A.Žalys dėstė šioje aukštojoje mokykloje – vadovavo Lietuvių literatūros katedrai, buvo Humanitarinių mokslų fakulteto dekanas. Šiame universitete jis dėstė lietuvių literatūros istorijos ir literatūros teorijos kursus, parašė dešimtis mokslinių publikacijų, literatūrologinių straipsnių, buvo studentų mėgiamas pedagogas, puikus oratorius, poezijos skaitovas.
Nepriklausomybės pradžioje A.Žalys aktyviai dalyvavo politinėje veikloje, buvo išrinktas į miesto Tarybą. Nuo 1992 m. priklausė Lietuvos rašytojų sąjungai. Jis yra knygų „Lietuvių baladė” (1979) ir „Lietuvių literatūrinė baladė“ (1988), monografijų sudarytojas bei autorius.
Mažosios Lietuvos kultūros ir istorijos paveldui neabejingas A.Žalys aktyviai dalyvavo Kristijono Donelaičio draugijos veikloje - vadovavo Klaipėdos skyriui, dažnai lankėsi Tolminkiemyje. Jis taip pat buvo Mažosios Lietuvos reikalų tarybos narys, pagrindinis paminklo iškiliam mažlietuvių veikėjui ir šviesuoliui Jurgiui Zauerveinui pastatymo Klaipėdoje sumanytojas ir iniciatorius.
Velionis išleido poezijos rinkinius „Iš retų ir išblukusių tekstų“ (2005) ir „Laiškai“ (2006), "Vieni kitiems" (lietuvių ir rusų kalba), "Pilis", publikavo daug straipsnių apie lietuvių literatūros istoriją ir dabartį.
Už straipsnių rinkinį „Gyvenimo metaforos ieškant“ ir publicistiką A.Žaliui skirta rašytojos Ievos Simonaitytės literatūrinė premija (2002). Jis apdovanotas Lietuvos Nepriklausomybės medaliu (2000).
Atsisveikinimas su velioniu Klaipėdoje - ketvirtadienį nuo 15 val. laidojimo namuose "Ämžiaus vartai" (Priestočio g. 7). Urna su palaikais išnešama penktadienį 11 val. Šv. Mišios ir laidotuvės - Raudėnuose (Šiaulių rajonas).