Vilniaus oro uoste pabučiavęs Lietuvos žemę, padėkojęs už krikščioniškųjų vertybių saugojimą okupacijos metais Jonas Paulius II perspėjo ir apie artėjančius naujus iššūkius: vartotojiškos visuomenės dvasinį skurdą, su krikščionybe nesuderinamų pagundų pavojų.
Šių popiežiaus žodžių prasmę anuomet nepriklausomybės euforija gyvenančioje Lietuvoje mažai kas suprato.
Daug kalbų, pamokslų Jonas Paulius II (iki išrinkimo popiežiumi – Karolis Wojtyla) sakė ir lietuviškai. Anuomet net Vatikane buvo pabrėžiamos popiežiaus lietuviškos šaknys.
Vilniuje popiežiui buvo įteiktas kunigo Eugenijaus Gerulio nutapytas K.Wojtylos motinos, Silezijoje (Lenkija) gimusios lietuvių kilmės Emilijos Kačarauskaitės, portretas.
Šventąjį Tėvą 1993 metų rugsėjo 4 dieną Vilniaus oro uoste sutiko prezidentas Algirdas Brazauskas, pabučiavo ranką. Kitą dieną šalies vadovas važiavo į mišias Vingio parke, bet pakeliui jį ištiko tulžies akmenligės priepuolis ir teko vykti į ligoninę.
Vakare, po mišių, apie prezidento sveikatos būklę papasakoti pontifikui buvo įgaliotas savo pažiūrų neslepiantis ateistas, tuometis Seimo pirmininkas Česlovas Juršėnas.
„Gerai mokėjau lenkų kalbą, todėl buvau įgaliotas paaiškinti popiežiui, kodėl prezidentas negalės jo lydėti tolesnėse kelionėse po Lietuvą. Jonas Paulius II viską suprato ir mane palaimino“, – prisiminė laisvamanis Č.Juršėnas.
Tais laikais buvęs Policijos departamento pareigūnu, atsakingu už viešosios policijos darbą, dabartinis Ekskomisarų biuro viceprezidentas Arvidas Januška prisiminė: „Tai buvo iššūkis jaunai Lietuvos policijai. Po nepriklausomybės atkūrimo buvo praėję treji metai, popiežiaus viešnagė buvo pirmasis tokio išskirtinio lygio asmens vizitas jaunoje valstybėje.
Pirmąkart teko tokia užduotis – garantuoti šimtaprocentį saugumą asmens, kuris turi įprotį bet kuriuo momentu prieiti prie minios, bendrauti su žmonėmis, liesti jų rankas. Bet, atrodo, viskas pavyko.“
Vizito metu Jonas Paulius II nusilenkė Sausio 13-osios aukoms Vilniaus Antakalnio kapinėse, aplankė su katalikybe susijusias žymias vietas Lietuvoje, tarp jų Šiluvą, Kryžių kalną.
Didžiausias popiežiaus kelionės renginys Lietuvoje buvo mišios Vingio parke rugsėjo 5 dieną, į kurias susirinko apie 100 tūkst. žmonių.
