Praėjus metams po architektūros studijų baigimo, M. von Gerkanas kartu su kolega Hamburge įkūrė architektūros biurą „Gerkan, Marg & Partners“.
Netrukus šio biuro architektai apdovanoti už Tėgelio oro uosto projektą. Šis oro uostas uždarytas 2020-aisiais.
M. von Gerkanas taip pat suprojektavo pagrindinę Berlyno geležinkelio stotį, vėliau ilgus metus tęsėsi nesutarimai su nacionaline Vokietijos geležinkelių bendrove „Deutsche Bahn“, kuri, pasak jo, sugadino jo projektą.
Architekto projekte požeminėje stoties dalyje buvo numatytos skliautuotos lubos, tačiau „Deutsche Bahn“, spaudžiama baigti darbus iki 2006 m. pasaulio futbolo čempionato, pasirinko plokščią metalinį stogą.
M. von Gerkanas teigė, kad „Deutsche Bahn“ požeminę salę pavertė panašia į prekybos centrą, nors tai turėjo būti banguojanti, katedrą primenanti erdvė.
2008 m. bendrovė ir M. von Gerkanas išsprendė ginčą, geležinkelių operatoriui sumokėjus neskelbiamą sumą architekto biuro įsteigtam fondui.