Tačiau dabar tyrėjas iš Sietlo (JAV) atrado iš „Google Cloud“ ištrintus failus, kurie atskleidžia 13 dalinių genetinių sekų iš kai kurių ankstyviausiųjų COVID-19 atvejų Uhane, rašo „The New York Times“ (NYT).
Šios sekos nenukreipia svarstyklių lėkštelės link kurios nors vienos iš daugelio teorijų apie tai, kaip atsirado SARS-CoV-2 – nei parodo, kad virusas nutekėjo iš itin saugomos laboratorijos Uhane, nei paremia natūralaus išplitimo versiją. Tačiau jos sutvirtina įtarimus, kad naujasis koronavirusas išplito anksčiau nei per pirmąjį didelį protrūkį Uhano jūros gėrybių turguje.
Norint tiksliai nustatyti, kaip ir iš kur kilo virusas, mokslininkai turi rasti pirminį virusą, iš kurio kilo visos kitos padermės.
Iki šiol ankstyviausios turimos genetinės sekos yra iš pirmųjų atvejų Huanano jūros gėrybių turguje Uhane, ir iš pradžių manyta, kad naujasis koronavirusas pirmą kartą pasirodė 2019 m. gruodžio pabaigoje.
Tačiau atvejai iš gruodžio pradžios – ir net retrospektyviai atsekti iki 2019 m. lapkričio – neturėjo jokių ryšių su minėtu turgumi, kas pandemijos pradžioje rodė, jog virusas kilo iš kažkokios kitos vietos.
Tačiau buvo viena nemaloni problema, susijusi su tomis pirmosiomis genetinėmis sekomis. Tarp turguje aptiktų atvejų buvo trys mutacijos, kurių trūko virusų mėginiuose, atsiradusiuose po kelių savaičių jau už turgaus ribų.
Virusai, neturintys šių trijų mutacijų, labiau sutapo su koronavirusais, randamais pasagnosiniuose šikšnosparniuose. Mokslininkai yra gana tikri, kad naujasis koronavirusas kažkaip atsirado šikšnosparniuose – todėl logiška manyti, kad viruso pirmtakui taip pat turėtų trūkti šių mutacijų.
Ir dabar Jesse Bloomas iš Howardo Hugheso medicinos instituto Sietle aptiko ištrintąsias sekas – greičiausiai kai kurių ankstyviausių mėginių – ir jos taip pat neturi šių mutacijų.
J.Bloomas yra pagrindinis gegužę žurnale „Science“ paskelbto laiško, raginančio nešališkai tirti koronaviruso kilmę, autorius.
„Jie yra trimis žingsniais panašesni į šikšnosparnių koronavirusus, nei virusai iš Huanano žuvies turgaus“, – „The New York Times“ sakė Bloomas. Šie nauji duomenys rodo, kad virusas cirkuliavo Uhane gerokai anksčiau, nei jis pasirodė jūros gėrybių prekyvietėje, teigia J.Bloomas.
„Šis faktas leidžia manyti, kad sekos iš turgaus, kurios yra jungtinis PSO ir Kinijos pranešimo genominės epidemiologijos akcentas [...] nėra tipiškos virusams, kurie Uhane cirkuliavo 2019 m. gruodžio pabaigoje ir 2020 m. sausio pradžioje, – savo darbe, kurį birželio 22 d. įkėlė į išankstinių publikacijų duomenų bazę „bioRxiv“, rašo tyrėjas.
Pasak NYT, maždaug prieš metus iš internetinės duomenų bazės „Sequence Read Archive“, kurią tvarko JAV Nacionaliniai sveikatos institutai (NIH), dingo 241 pacientų genetinės koronaviruso sekos.
J.Bloomas pastebėjo trūkstamas sekas, kai 2020 m. gegužės mėnesį žurnale „PeerJ“ paskelbtame tyrime aptiko failą, kuriame autoriai pateikė 241 SARS-CoV-2 genetinę seką, išskirtą iš mėginių, surinktų iki 2020 m. kovo pabaigos. Sekos buvo Uhano universiteto projekto PRJNA612766 dalimi ir, tikėtina, buvo įkeltos į „Sequence Read Archive“.
Jis archyvo duomenų bazėje atliko sekų paiešką, bet gavo pranešimą „nieko nerasta“, dar nerecenzuotame „bioRxiv“ paskelbtame tyrime rašo J.Bloomas.
Mokslininko tyrimas atskleidė, kad ištrintų sekų mėginius surinko Aisu Fu ir Uhano universiteto Renmino ligoninė, o iš paskelbto sekų tyrimo (kurio autorystė priskiriama „Wangui ir kitiems“) tapo aišku, kad mėginiai buvo surinkti iš ambulatorinių pacientų nosių pasinaudojant tamponais, pačioje COVID-19 epidemijos pradžioje.
J.Bloomas negalėjo rasti jokio paaiškinimo, kodėl sekos buvo ištrintos, ir jo el. laiškai abiem atitinkamo tyrimo autoriams nesulaukė jokių atsakymų.
„Nėra jokių pagrįstų mokslinių priežasčių, kodėl jos buvo ištrintos: sekos puikiai atitinka Wango ir kitų aprašytus pavyzdžius, – rašo J.Bloomas. – Dokumente nėra jokių pataisų, jame teigiama, kad buvo gautas tiriamųjų sutikimas, o atlikus sekoskaitą, nematyti jokių plazmidžių ar mėginio užteršimo įrodymų. Todėl panašu, kad sekos buvo ištrintos norint paslėpti jų egzistavimą“.
J.Bloomas atkreipia dėmesį į keletą savo tyrimo apribojimų – visų pirma, kad sekos yra tik dalinės ir jose nėra jokios informacijos, kad būtų galima nurodyti aiškią mėginių surinkimo datą ar vietą – kas yra būtina norint atsekti viruso kilmę.
Nepaisant to, tyrėjas mano, kad nuodugnesnis NIH ir kitų organizacijų saugomų duomenų nagrinėjimas ir sekų sugretinimas gali padėti susidaryti aiškesnį vaizdą apie SARS-CoV-2 kilmę ir ankstyvą paplitimą, net išvengiant tyrimų pačioje Kinijoje.
Daugiau apie ištrintas sekas galima rasti šiame „The New York Times“ straipsnyje.
Parengta pagal „Live Science“.
