Šalis buvo giriama už tai, kad turi patikimą genomo sekoskaitos programą, kuri leido jiems nustatyti potencialiai nerimą keliančias dabar jau omikron vadinamos atmainos savybes.
Kai virusai plinta populiacijose, jie mutuoja. Dauguma mutacijų iš esmės nekeičia viruso elgsenos, tačiau kai kurios gali kelti nerimą. Genomo sekos nustatymas apima viruso genetinės medžiagos iššifravimą – kad būtų galima aptikti mutacijas ir nustatyti, kokį poveikį jos gali turėti virusui, pavyzdžiui, ar dėl jų virusas gali tapti labiau užkrečiamu, ar sukelti sunkesnę ligą.
Šis procesas atliekamas laboratorijoje ir daromas atskirai nuo koronaviruso tyrimų. Tai gali užtrukti nuo kelių valandų iki kelių savaičių – ir kiekvienoje šalyje taikomas skirtingas metodas.
Sekoskaitos srityje visame pasaulyje dar daug ką galima patobulinti, tačiau Pietų Afrikos Respublikoje aptiktas omikron variantas yra pavyzdys, kaip sutelktomis pastangomis galima daug ką pakeisti.
„[Omikron] nustatymas pabrėžia, kad SARS-CoV-2 genominė stebėsena ir prieiga prie tinkamų mėginių yra labai svarbi ir reikalinga“, – sako Kembridžo universiteto visuomenės sveikatos ir mikrobiologijos profesorė Sharon Peacock – ir priduria, kad Pietų Afrikos Respublikos sveikatos ministerija ir jos mokslininkai „turi būti pagirti už savo reakciją, mokslinius tyrimus ir pavojaus signalo skleidimą pasauliui“.
Per pastarąsias 30 dienų, kai omikron atsidūrė pasaulio dėmesio centre, mažiau nei trečdalyje šalių ir teritorijų buvo nuskaitytas atmainos genetinis kodas – siekiant nustatyti, kaip virusas keitėsi laikui bėgant, rodo CNN atlikta pasaulinei mokslo iniciatyvai GISAID pateiktų duomenų analizė.
Beveik trečdalis iš 241 šalies ir teritorijos, kurias stebi GISAID, per visą pandemijos laikotarpį atliko mažiau nei 100 viruso genetinių sekoskaitų.
Per pastarąjį mėnesį, kai omikron atmaina tapo naujausiu susirūpinimą keliančiu variantu, tik keliolika šalių atliko daugiau nei 5 proc. užfiksuotų COVID-19 atvejų sekoskaitą.
Tarp tokių – Danija, Bahreinas, Izraelis, Kambodža, Švedija, Jungtinė Karalystė, Gana, Liuksemburgas, Senegalas, Aruba, Naujoji Zelandija ir Botsvana.
Dar 63 šalys per pastarąjį mėnesį sekvenavo nedidelį skaičių atvejų – tačiau daugiau nei 100 kitų šalių, kurios tai darė anksčiau pandemijos metu, per pastarąjį mėnesį nepranešė apie jokias nuskaitytas genetines sekas.
Tačiau skaičiai rodo ne viską. Kai kuriose šalyse pavyko užregistruoti didelę dalį atvejų, nes bendras infekcijos lygis jose nėra didelis. Taip nutiko, pavyzdžiui, Danijoje, Bahreine ir Izraelyje, kurie paskutiniu metu nepatyrė didelių atvejų šuolių.
Jungtinė Karalystė išsiskiria kaip vienintelė šalis, kurioje atvejų skaičius yra didelis ir kuri vis dar sugeba sekvenuoti didelę dalį savo mėginių – 13 proc. per pastarąjį mėnesį ir vidutiniškai tiek pat per visą pandemijos laikotarpį.
Remiantis duomenų bazės duomenimis, JAV atsilieka: per pastarąsias 30 dienų buvo nustatyta tik 2,6 proc. atvejų, o iš viso – 4 proc.
Tačiau net ir ne itin dažnas genetinės sekos nustatymas gali būti naudingas. Pavyzdžiui, Pietų Afrikos Respublikoje praėjusį mėnesį sekvenuota tik 0,3 proc. atvejų, o per visą pandemijos laikotarpį – 0,8 proc. atvejų.
Tačiau šalies sveikatos apsaugos ministerija ir jos mokslininkai sutelkė pastangas ten, kur tai buvo svarbu. Pastebėję, kad Gautengo provincijoje COVID-19 atvejų ėmė daugėti daug sparčiau nei likusioje šalies dalyje, jie tikslingai sekvenavo mėginius ir taip nustatė naująjį variantą.
Parengta pagal CNN.
