Po šio revoliucinio atradimo J. Watsonas ėjo Niujorko Cold Spring Harbor laboratorijos direktoriaus, prezidento ir rektoriaus pareigas. Jo vadovaujama laboratorija smarkiai išsiplėtė ir tapo pasauline molekulinės biologijos lydere. Jis taip pat dvejus metus vadovavo Žmogaus genomo projektui – iki kol protestuodamas prieš genų sekvencijų patentavimo iniciatyvas neatsistatydino.
Nepaisant viso to, J. Watsonas 2007 m. žurnalui „New Scientist“ sakė, kad savo parašytas knygas laiko didžiausiu savo pasiekimu: „Dviguba spiralė būtų atrasta bet kuriuo atveju. Aš tik šiek tiek pagreitinau šį procesą. Bet Francisas Crickas niekada nebūtų parašęs knygos „Dviguba spiralė“, kaip ir kiti šio atradimo dalyviai.“ J. Watsonas tuomet sakė, kad tikisi, jog jo knygos paskatins daugiau jaunų žmonių domėtis mokslu.
Per visą savo karjerą jis susidūrė su nemažai kontroversijų. DNR struktūros atradimas tapo įmanomas dėl kitos mokslininkės Rosalind Franklin rentgeno nuotraukų, kurios indėlis 1953 m. straipsnyje, už kurį J. Watsonas ir F. Crickas gavo Nobelio premiją, nebuvo paminėtas.
Jis taip pat buvo žinomas dėl savo paniekos kitoms biologijos sritims ir dažnai susidurdavo su pasmerkimu ir net profesine kritika dėl komentarų apie kitus tyrėjus ir apskritai grupių marginalizavimo – o 2007 m. tai lėmė jo pasitraukimą iš Cold Spring Harbor laboratorijos.
Nepaisant visų kontroversijų, jo akademiniai pasiekimai leidžia jį laikyti vienu iš svarbiausių XX a. mokslininkų. Jo darbas atvėrė duris į visiškai naujas mokslinių tyrimų sritis, suteikdamas mums žinių apie tai, kaip saugoma paveldima informacija, apie rūšių tarpusavio ryšius gyvybės medyje ir apie naujus genetinių ligų gydymo būdus, rašo „New Scientist“.