Bernardinų vienuoliai į Tytuvėnus buvo pakviesti dar 1614 metais. Pirmieji atgailautojų ir elgetautojų ordino vienuoliai į Tytuvėnus atvyko iš Vilniaus, Kauno, Krokuvos vienuolynų. Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės vėliavininkas, Žemaičių žemės teismo teisėjas Andriejus Valavičius bernardinus į Tytuvėnus pakvietė siekdamas atgaivinti Žemaitijoje apmirusią katalikybę.
Bernardinai mokė žmones tikėjimo tiesų, teikė sakramentus, sakė pamokslus ne tik lenkų bet ir lietuvių kalba. Pradėję kaupti knygas, jie davė pradžią vienai iš didžiausių Žemaitijos bibliotekų. Iš Krokuvos į Tytuvėnus atvykęs vienuolyno vikaras Simonas Očko užveisė didelį vaismedžių sodą prie bažnyčios ir vienuolyno sienų.
Dviejų aukštų vienuolyno gyvenamasis namas - vėlyvojo renesanso architektūros statinys. Pastatas pasagos formos, jungiasi su bažnyčios pietine siena.
Bernardinų vienuolyno bažnyčios statybos buvo baigtos 1635 metais. Bažnyčia konsekruota Angelų Švč. Mergelės Marijos titulu.
Dievo Motina yra pranciškonų ordino globėja - vienuoliai per amžius skleidė Švč. Mergelės Marijos nekalto prasidėjimo kultą. Vienuolyno brolijai teko iškęsti įvairias nelaimes - marą, karą su Rusija, vėliau - su Švedija.
Išlikusioje vienuolyno kronikoje parašyta: „1735 Viešpaties metais. Tais metais laimingai, nors ir su dideliais vargais, bažnyčios stogą ir bokštus pabaigėme[...]. Taip pat storlentėmis išklotą visą priebažnytį ir pradedant nuo didžiųjų bažnyčios durų iki vienuolyno vartų liepiau įvairiais atvaizdais ištapyti, kad pavergtų žmonių širdis...“
Patalpų sienos buvo ištapytos biblijinėmis scenomis, Kristaus, Marijos, pranciškonų vienuolijos monogramomis, gėlių šakelių ornamentais, tai nuteikdavo maldai ir kontempliacijai.
XVIII a. amžiaus viduryje bernardinai rekonstravo bažnyčios interjerą. Nors griežta Pranciškonų ordino regula skelbia neturtą, tačiau bernardinai niekada neslėpė, kad moka mylėti ir puoselėti grožį.
Mergelės Marijos angelų karalienės bažnyčioje sukurtas devynių altorių, krikštyklos ir sakyklos itin puošnus vėlyvojo baroko ansamblis. O amžiaus pabaigoje, gvardijono Jeronimo Franickio rūpesčiu už suaukotas lėšas pastatyti nauji vargonai, kurie maldininkus džiugino iki dabar.
Tytuvėnų piligrimų centro duomenimis, tai - seniausi autentiški, veikiantys vargonai Žemaitijoje.
1771-1780 m. prieš bažnyčią pastatomos arkadinės galerijos, kuriose įrengiamos Kryžiaus kelio stotys. Vienuolis Antanas Burnickis iš Jeruzalės į Tytuvėnus parvežė žemės - tai relikvija, kurią kažkada lietė Išganytojo kojos, jam nešant kryžių į Golgotos kalną. Ši žemė buvo išdėstyta tikliniuose gaubteliuose po Kryžiaus kelio stočių atvaizdais.
Po 1795 m. trečiojo Lietuvos Lenkijos respublikos padalijimo vienuoliai stipriai pajuto Rusijos caro valdžią ir pastangas varžyti Katalikų Bažnyčios teises ir veiklos laisvę.
1829 m. įsigaliojo naujos stojimo į vienuolyną taisyklės, pagal kurias leidimo reikėjo prašyti administracinės valdžios, o galutinį sprendimą priimdavo Peterburge veikusi dvasinių reikalų valdyba. Uždarytas noviciatas Tytuvėnuose.
Vietos istorikai teigia, kad 1831 mietais Tytuvėnų apylinkėse veikė sukilėliai, kurie vienuolyne įsirengė ligoninę. Vienuolynas ir kiti mūriniai pastatai buvo įtvirtinti gynybai, įrengtos šaudymo angos. Numalšinus sukilimą, caro valdžia apkaltinusi parama sukilėliams uždarė daugelį Lietuvos vienuolynų, tačiau Tytuvėnų bernardinų nelietė, priskirdama etatinių kategorijai.
1841 m. įsaku Rusijos vyriausybė konfiskuoja vienuolynų žemės nuosavybę. Vienuolynai neteko savivaldos, kai panaikinta provincijolo pareigybė.
Tačiau naujų jėgų Žemaitijos tikintiesiems suteikė vyskupu įšventintas Motiejus Valančius.
Per 1863 m. sukilimą. netoli Tytuvėnų vyko net keletas mūšių su rusų kariuomene. Zigmantas Citavičius, Raseinių apskrities karinis viršininkas buvo įsirengęs sukilėlių stovyklą. Caro valdžia apkaltino vienuolius dalyvavus mūšiuose ir teikus paramą sukilėliams - generalgubernatoriaus M.Muravjovo įsakymu vienuolynas uždaromas, o gvardijonas Andriejus Petravičius areštuotas, ištremtas į Sibirą.
Vienuoliai buvo priversti persikraustyti į vienintelį neuždarytą Kretingos vienuolyną.
1874 m. aikštėje priešais Tytuvėnų bernardinų bažnyčią buvo pastatyta cerkvė, o stačiatikio šventiko būstą numatyta įrengti buvusiame noviciate.
Sovietmečiu vienuolyno ansamblis buvo tapęs ir saugumiečių irštva. Kristaus kančios laiptais vaikščiojo okupantai.
Sovietmečiu buvusio vienuolyno patalpose buvo įsikūrusios įvairios rajono įstaigos. Nuo 1959 m. veikė žemės ūkio technikumas, vidurinės mokyklos internatas. 1961–1973 m. Tytuvėnų ansamblis buvo remontuojamas ir restauruojamas.
Suremontuoti abu bažnyčios bokštai, arkadų galerijos, restauruoti Kristaus laiptų koplyčios fasadai. 1976 m. restauruotas bažnyčios interjeras.
Tytuvėnų piligrimų centro direktorius Pranas Jurkaitis teigia, kad vienuolyne šeimininkavę sovietų saugumo pareigūnai, o vėliau ir vietos valdžios vykdomojo komiteto nariai galėjo lengvai stebėti, kas lanko bažnyčią.
Sovietmečio pabaigoje vienuolynas virto bendrabučiu. P.Jurkaitis atsimena, kaip jis pats 1984 metais su 50 kitų Tytuvėnų vidurinės mokyklos mokinių gyveno šiame bendrabutyje. Per didžiąsias šventes pamokos nevykdavo, o moksleivius išsiųsdavo namo - kad neitų į bažnyčią.
Ryškų pėdsaką paliko Tytuvėnų bažnyčioje kunigavęs Ričardas Mikutavičius, kuris rūpinosi, kad unikalus pastatų kompleksas būtų atstatytas. Vietiniai gyventojai iki šiol prisimena šiltą ir nenuilstantį kunigą, kuris savo rankomis klojo grindinį vienuolyno kiemelyje. R.Mikutavičiui atminti vienuolyno ansamblyje vyksta muzikos ir meno festivalis.
Rimtai restauruoti Tytuvėnų vienuolyną nuspręsta prieš 6 metus.
P.Jurkaičio teigimu, vienuolikai išlikusių pastatų prikelti reikėjo gauti apie 100 mln. litų, tačiau surinkta 10 milijonų.
Vienuolyną restauravę statybininkai, anot P.Jurkaičio, bene viską išvertė, liko tik plytos, iš kurių daugiau negu prieš 300 metų buvo mūryti statiniai. Nuo sienų nulupta kone 20 sluoksnių dažų, pakeistas stogo apšiltinimas. Prie sienų freskų dirbo 20 restauratorių. Kadangi visų freskų stilius buvo panašus, manoma, kad jas nutapė vienas vienuolyno dailininkas.
Pernai birželį po restauracijos duris atvėrusiame vienuolyne svečiai galėjo rasti aštuonias atskiras celes. Trijose celėse buvo įkurtas Šiaulių vyskupijos bažnytinio paveldo muziejus, eksponuojami vertingi bažnytiniai reikmenys. Viena salė skirta bibliotekai.
Didįjį bažnyčios altorių puošia XVII a. pradžioje tapytas malonėmis garsėjantis Švč. Dievo Motinos su Kūdikiu paveikslas. Religinių brolijų globotuose šoniniuose altoriuose yra įspūdingos XVIII a. drobės „Porciunkulėsatlaidų gavimas“, „Šv. Ona“, „Šv. Antanas“, „Šv. Barbora“.
Be altorinių Tytuvėnų buvusio bernardinų vienuolyno ir bažnyčios ansamblis yra vienas iš vertingiausių sakralinės architektūros ansamblių Lietuvoje ir visoje Šiaurės Rytų Europoje paveikslų, bažnyčioje daug pavienių dailės kūrinių, raiškiai perteikiančių bernardinų dvasingumą.
Interneto svetainėje tytuvenai.lt rašoma, kad vienas išskirtiniausių tapybos darbų yra paveikslas „Šv.Pranciškaus Asyžiečio genealoginis medis“.
Manoma, kad paveikslas nutapytas Lietuvos bernardinų Šv.Kazimiero provincijos įkūrimo 1729 m. ir vienuolyno atnaujinimo proga.
Tytuvėnų ansamblio įdomiausioms dailės vertybėms priklauso dabar taip pat jau dekore nebenaudojamas trijų dalių kontūrinis paveikslas „Jėzaus Kristaus nuėmimas nuo kryžiaus“. Tai tikriausiai Didžiąją Velykų savaitę per bažnytines iškilmes naudotos dekoracijos dalis. Bažnyčios centrinės navos sienas puošia dailininko Petro Rozelino 1796–1801 m. sukurtas šešių darbų ciklas, vaizduojantis Jėzaus Kristaus gyvenimo momentus. Tas pats menininkas nutapė ir didingą drobę „Šv. Pranciškaus išaukštinimas“.
Tytuvėnų bernardinų istoriją ir vienuolių dvasingumą taip pat rodo pavienės medinės skulptūros, antkapiniai paminklai ir epitafinės lentos.