Nuo 1795 m. iki Pirmojo pasaulinio karo Vilnius kaip ir visa Lietuva buvo Rusijos imperijos sudėtyje, buvo gubernijos centras. 1811 m. Vilnius buvo 3-asis pagal dydį Rusijos imperijos miestas (po Peterburgo ir Maskvos).
1817 m. patvirtintas perspektyvinis miesto planas. Po 1831 m. sukilimo Rusijos valdžia uždarė Vilniaus universitetą kaip nacionalistinių jėgų židinį, kuriame veikė ir patriotinės filaretų bei filomatų organizacijos.
Vilnius vystėsi kaip Rusijos gubernijos sostinė, tačiau turėjo ir regioninę reikšmę. XIX a. iki išaugant Minsko svarbai Vilnius buvo baltarusių nacionalinio judėjimo centras. Svarbiausi baltarusių poetai ir rašytojai savo darbus spausdino Vilniuje.
Pagal statistiką 1836 m. Vilniuje gyveno 56 tūkst. gyventojų – iš jų 20,6 tūkst. žydų (36 proc.), o 1875 m. iš 82,7 tūkst. Vilniaus gyventojų žydų buvo jau 38,9 tūkst. (47,5 proc.). 1897 m. surašymo duomenimis, Vilniaus gubernijoje gyveno net 204 261 žydai (apie 13 proc. gubernijos gyventojų). Vilniuje žydų skaičius nuo 1836 iki 1897 m. padidėjo nuo 20 646 iki 63 841, t. y. 40 proc. Didžioji jų dalis buvo ne vilniečiai, o atvykėliai iš kitur.
Vilniaus gubernijos miestuose gyveno 83,6 proc. žydų, o išstūmus juos iš kaimų 1908–1911 m. jų skaičius pakilo iki 90 proc. Jau XIX a. Vilnius tapo ne tik stambiausiu žydų kultūriniu centru, kuriame veikė dešimtys jų kultūrinių ir šalpos organizacijų, stipriu tarptautinio sionizmo centru, skatinusiu reemigraciją į Izraelį, bet ir pirmos Rusijos marksistinės partijos BUND lopšiu, padėjusiu po metų pagrindus ir RSDP įkūrimui Minske.
Tai sąlygojo ženklios dalies žydų bedarbystė, skurdas, o taip pat ir 1827–1855 m. laikotarpis, kada caro Nikolajaus I įsaku mažamečiai skurdžių žydų vaikai buvo pradėti imti į rekrutus 25 metams ir perkrikštijami.
