M.Šimelionytė gimė 1950 m. birželio 10 d. Lentvaryje. Baigė Lentvario vidurinę mokyklą. 1971–1977 m. studijavo molbertinę tapybą Vilniaus dailės institute (dabar Vilniaus dailės Akademija). 1981 m. pradėjo dirbti Lietuvos dailės muziejuje P.Gudyno restauravimo centre molbertinės tapybos restauratore.
Dirbdama muziejuje konservavo ir restauravo ypatingai svarbius Lietuvos paveldui paveikslus. Tai Pranciškaus Smuglevičiaus Vilniaus Arkikatedrai Bazilikai tapytus apaštalus “Jonas“ ir „Tadas“, Arkikatedrą Baziliką puošiančius paveikslus, vaizduojančius Senojo Testamento siužetus, Kanuto Rusecko paveikslą „Paskutinė vakarienė“.
Restauratorė tyrė ir konservavo klasikų A.Gudaičio, J.Vienožinskio, V.Kasiulio, P.Kalpoko ir daugelio kitų Lietuvos ir Vakarų Europos tapytojų ypač vertingus kūrinius.
Nuo 1987 m. dalyvavo Baltijos restauratorių trienalėse. 1989 m. už atliktus darbus grąžinant Vilniaus Arkikatedrą tikintiesiems apdovanota tuometės LTSR kultūros ministerijos garbės raštu. Nuo 1992 m. Lietuvos restauratorių sąjungos narė. M.Šimelionytė parašė ir paskelbė keliolika mokslinių straipsnių LNDM leidinyje „Metraštis“ bei kituose periodiniuose leidiniuose. Publikacijose išsamiai ir naujoviškai aptarė konservavimo – restauravimo praktiką bei etikos ir meno kūrinių išsaugojimo klausimus. Margaritos praktiniai ir teoriniai darbai ypač svarbūs Lietuvos konservavimo restauravimo istorijos aspektu.
