Per dvejus metus Kultūros paveldo departamentas skyrė Antanavo koplyčiai beveik 563 tūkst. litų. Vėliau buvo gauta Europos ekonominės erdvės fondo bei Norvegijos finansinio mechanizmo parama. Visi koplyčios restauravimo darbai atsiėjo beveik 2 mln. litų, darbus atliko įmonė „Restauracija“.
2007 metais Kultūros paveldo departamentas skyrė lėšų parengti koplyčios konservavimo, restauravimo ir atkūrimo projektui. Kitais metais buvo restauruotos rūsio sienos, atkurtos nišos bei langų angos, rūsio perdangos, atstatyti rąstų sienojai, panaudojant išlikusius autentiškus sienojus, įrengta koplyčios perdanga.
Toliau tvarkant pastatą restauruotas koplyčios stogas, bokštelis, kryžius, išsaugotos ir restauruotos bei konservuotos autentiškos konstrukcijos, dangos ir puošybos elementai. Pagal išlikusias detales, segmentus bei ikonografiją restauruotas altorius, pagal išsilaikiusią koloną ir ikonografinius duomenis atkurtas balkonas bei lubų plafonas. Autentiški fragmentai palikti neuždažyti.
Projekto vadovas architektas Saulius Mikalauskas sako, kad pavyko panaudoti nemažai išlikusios autentiškos medžiagos. Pagal griuvėsiuose aptiktą koplyčios suolo šoninę dalį buvo pagaminti dabartiniai suolai.
Antanavo koplyčia - unikalus ir gerokai istorijos talžytas medinis kultūros objektas, atspindintis liaudišką sakralinę statybą. Iškilusi XVIII amžiaus pabaigoje, ji du šimtus metų gyvavo daugiau nepaliesta žmogaus rankos, išskyrus kai kuriuos vidaus pertvarkos darbus.
Šiandien ji yra vienintelė Lietuvoje išlikusi šešiakampio formos koplyčių. Tai buvo didikų Chrapovickių dvaro koplyčia, vėliau kartu su dvaru atitekusi dvarininkams Šabunevičiams. Naujieji savininkai ją XIX a. išpuošė nežinomų italų dailininkų tapyba.
Nors koplyčia buvo statyta kaip giminės mauzoliejus, apie fundatorių palaidojimus čia nėra žinoma. Tačiau pagal istorinius šaltinius, 1860 m. koplyčioje palaidotas dvaro savininkas Stanislovas Šabunevičius, vėliau - jo sūnus Edvardas ir marti. Pasakojama, kad 1863 m. sukilimo metu Antanavo koplyčios rūsyje buvo laikomi sukilėlių ginklai, o po altoriumi slapstėsi sukilėlių būrio vadas. Po 1944 m. laidojimo kripta buvo išplėšta, karstai apgadinti, kita dalis rūsio naudota kaip sandėlis. Sovietmečiu šis sakralinis statinys priklausė spirito gamyklai, kurią privatizavus koplyčia liko be šeimininko ir akyse nyko, kol įgriuvo stogas, nuvirto kupolas su maždaug dviejų metrų aukščio kryžiumi, išliko tik sienos.
Antanavo bendruomenė tikisi, kad koplyčioje po restauracijos vėl vyks pamaldos, nes miestelis neturi bažnyčios.