M.Burokevičius buvo LKP (SSKP) CK pirmasis sekretorius nuo 1990 m. iki jos uždraudimo 1991 m. Buvo priešinimosi prieš LKP atsiskyrimo nuo SSKP lyderis, vienas 1991 m. valstybinio perversmo iniciatorių.
Po Sovietų Sąjungos griūties M.Burokevičius slėpėsi nuo politinių represijų, kurias vykdė naujos miesto valdžios institucijos, paliko Lietuvą ir iškeliavo į Rusiją. 1994 m. sausio 15 d. su Juozu Jermalavičiumi M. Burokevičius buvo sulaikytas Minske. Apkaltintas sausį-rugpjūtį rengus sąmokslą nuversti nepriklausomos Lietuvos valdžią, sunkių kūno sužalojimų organizavimu ir bendrininkavimu įvykdžius tyčinę žmogžudystę.
1999 m. rugpjūčio 23 d. už antivalstybinę veiklą nuteistas kalėti 12 metų kalėjimo, bausmę atliko Lukiškių tardymo izoliatoriuje-kalėjime, Vilniaus 2-iuose pataisos namuose ir Laisvės atėmimo vietų ligoninėje.
Profesorius M.Burokevičius, kuriam sulaikymo metu buvo 67 metai, išėjo iš kalėjimo 2006 metų sausį.
Po išėjimo iš kalėjimo, profesoriaus gyvenimas buvo sudėtingas. Tai galima buvo spręsti iš jo amžiaus bei metų, praleistų kalėjime. Taip pat prieš trejus metus mirė jo mylima žmona Veronika.
Prieš pusantrų metų M.Bukokevičius davė interviu „Baltijos naujienoms“, kuriame teigė: „Norėčiau palinkėti paprastiems dirbantiems Lietuvos žmonėms, kad jie suprastų savo padėtį Lietuvoje ir ieškotų sau geresnio socialinio ir dvasinio gyvenimo. Tik gindami savo interesus politinės kovos metu dirbantys žmonės gali užsitikrinti sau geresnį gyvenimą“.
Netikėta kelionė iš Minsko
M.Burokevičiaus ir J.Jermalavičiaus sulaikymo bei pargabenimo operaciją planavo tuometis generalinis prokuroras Artūras Paulauskas, prokurorai Kęstutis Betingis ir Kęstutis Vagneris.
Apie jų pargabenimą iš Baltarusijos į Lietuvą K.Betingis pasakoja, kad su baltarusių perduotais Jermalavičium ir Burokevičium, jų apsaugininkais, jie grįžo automobiliu šešiese. Sugautieji sėdėjo gale, iš šonų buvo apsaugininkai. Pats Betingis savo kojas buvo užkėlęs ant automobilio skydelio, sėdėjo visi gerokai suspausti.
Kadangi perversmo organizatoriai buvo sugauti beeinantys į savo partinius susitikimus, kišenėje turėjo laišką. Ypač prokurorus jaudino tai, kaip sugautieji elgsis pasienyje, kai bus pervažiuojamas pasienio ruožas.
„Aš stovėjau prie sienos, iš Lietuvos pusės, net pakėliau barjerą, kad greičiau pravažiuotų, kai pamačiau, kad ten reikalai stringa. Iš veidų suvokiau, kad jie (Burokevičius su Jermalavičium) nelabai supranta, kas vyksta, jie buvo pasimetę labai“, – pasakojo A.Paulauskas.
Mėgino bylinėtis su Lietuva
Europos Žmogaus Teisių Teismas 2008 metais nusprendė, kad Sausio 13-osios perversmininkų Mykolo Burokevičiaus, Juozo Kuolelio ir Leono Bartoševičiaus skundai prieš Lietuvą yra nepagrįsti. Skundai Strasbūre buvo priimti nagrinėti 2006 metais.
Tai buvo pirmosios bylos prieš Lietuvą, dėl kurių Vyriausybei pateikti klausimai dėl sąžinės ir susivienijimų laisvės.
Buvę komunistų partijos nariai skundėsi, kad jų bylos Lietuvos teismuose buvo nagrinėjamos nepagrįstai ilgai ir prašė milijoninių kompensacijų.
J.Kuolelis prašė jam priteisti 4 mln. 316 tūkst. litų, S.Mickevičius -8 mln.632 mln. litų. M.Burokevičius prašė atlyginti moralinę ir materialinę žalą, bet sumos nenurodė. Baudžiamoji byla dėl sąmokslu tikslu užgrobti valdžią 1991-ųjų sausį Vilniaus apygardos teisme buvo pradėta nagrinėti 1996 metų lapkritį.
Jos nagrinėjimas su didelėmis pertraukomis tęsėsi iki 1999 metų liepos vidurio. 248 puslapių nuosprendį pakaitomis skaitė visi trys kolegijos teisėjai.
Prieš teismą stojo 6 iš 51 kaltinamojo, nes kiti Lietuvos teisėsaugos institucijoms yra nepasiekiami. Be to, vienas nuteistasis – Stanislavas Mickevičius, buvęs radijo stoties „Tarybų Lietuva“ redaktorius, nuo bausmės pasislėpė netrukus prieš nuosprendžio paskelbimą ir nesulaikytas iki šiol. Nuosprendžiu skirtos 4 metų laisvės atėmimo bausmės jis dar neatliko.
1999 metų rugpjūtį Vilniaus apygardos teismas dėl tyčinių nužudymų bei sunkių kūno sužalojimų organizavimo, antivalstybinių organizacijų kūrimo ir kitų nusikaltimų M.Burokevičių nuteisė kalėti 12 metų. Nuosprendžio paskelbimo įtariamasis laukė būdamas suimtas, todėl nuosprendžio paskelbimo metu jis jau buvo atlikęs pusę nuosprendžiu skirtos laisvės atėmimo bausmės. 5 metų laisvės atėmimo bausme nuteistas J.Kuolelis ir 3 metams nuteistas L.Bartoševičius buvo suimti nuosprendžio paskelbimo dieną.
Buvo vienas iš sausio tragiškų įvykių Vilniuje kaltininkų
Europos žmogaus teisių teismas savo sprendime pabrėžė, kad Lietuvą apskundusių perversmininkų byloje būtina remtis istorinėmis bei politinėmis aplinkybėmis, be to, atsižvelgti ir į įvykius iki Europos žmogaus teisių ir pagrindinių laisvių apsaugos konvencijos įsigaliojimo Lietuvoje, t.y. iki 1995 m. birželio 20 d.
Tai buvo būtina dėl to, jog pareiškėjai ne tik įrodinėjo, jog jie persekiojami už veikas, kurios jų padarymo metu nebuvo laikomos nusikaltimais, bet ir apskritai ginčijo Lietuvos nepriklausomybės praradimo bei jos atkūrimo aplinkybes.
Pasak Teisingumo ministerijos pranešimo, pareiškėjai be kita ko teigė, kad jų veiksmai buvo teisėti pagal TSRS įstatymus, o nepriklausoma Lietuvos valstybė atsirado tik po 1991 m. rugpjūčio įvykių Lietuvą pripažinus pasaulio bendrijai.
Teismas pabrėžė, kad dar iki reikiamų Baudžiamojo kodekso pataisų 1990 m. lapkritį buvo aiškiai išreikšta naujos Lietuvos valdžios politinė valia, ir kad pareiškėjai, kaip politiniai vadovai, turėjo suprasti jų tolesnio dalyvavimo LKP/TSKP ir jos pagalbinių organizacijų veikloje, siekiant nuversti teisėtą valdžią, pasekmes.
14 žmonių žuvo ir šimtai buvo sužeisti per sovietų okupacinės kariuomenės ir KGB mėginimą nuversti teisėtą Lietuvos valdžią 1991 metų sausio 13 dieną. Būtent dėl šių įvykių buvo nuteistas M.Burokevičius.
M.Burokevičius buvo įvardytas kaip vienas 1991 metų sausio tragiškų įvykių Vilniuje kaltininkų. 1999-aisiais kartu su M.Burokevičiumi buvo nuteisti ir kiti aktyvūs perversmo dalyviai, komunistų partijos nariai – Juozas Jermalavičius, J.Kuolelis, L.Bartoševičius, Jaroslavas Prokopovičius bei kiti.