Sertifikavimo įstaigai nustačius, kad dirvožemis, produkcija buvo užteršti ekologinėje gamyboje neleistinomis naudoti cheminėmis medžiagomis, ūkininkui bus suteikta galimybė įrodyti, kad tarša sertifikuotame lauke atsirado dėl šoninės kaimyninės taršos. Yra numatyta procedūrų eiga taršai įrodyti.
Bus suteikta galimybė ūkio subjektui sušvelninti sankcijas užterštai lauko daliai ir jų netaikyti neužterštai lauko daliai, taip pat atsiradus taršai dėl šoninės kaimyninės taršos, sertifikuotiems laukams kituose teisės aktuose numatyta nemažinti kompensacinių išmokų.
Sertifikavimo įstaigai sertifikuojamoje produkcijoje nustačius neleistinų ekologinėje gamyboje naudoti sintetinių cheminių medžiagų, kurios naudojamos sandėliuose, buvimą, detalizuojami veiksmai, kuriuos ūkio subjektas turi atlikti, norėdamas pateikti įrodymus, kad dalis tame sandėlyje ar kituose sandėliuose laikomos produkcijos neužteršta.
Kituose teisės aktuose nustatyta, kad esant pažeidimui, kai sandėlyje laikoma produkcija nesertifikuojama dėl sandėlio chemijos nustatymo, pirmą kartą bus taikomas įspėjimas, o esant pakartotiniams atvejams parama mažinama 3 proc. nuo ekologinio ūkininkavimo paraiškos.
Nustačius, kad žemė buvo užteršta neleistinais ekologinėje gamyboje naudoti patvariais organiniais teršalais, ūkininkams bus suteikta galimybė kreiptis ir gauti leidimą pratęsti pereinamąjį laikotarpį. Šiuo atveju sertifikavimo įstaiga einamaisiais ir paskesniais metais lauką sertifikuoja kaip pirmųjų pereinamojo laikotarpio metų iki tol, kol ūkininkas savo ištekliais ir iniciatyva įrodys, kad tame lauke dirvožemis išsivalė.
Pakeitimais įteisinama orientacinė neleistinų ekologinėje gamyboje naudoti medžiagų koncentracijos dirvožemyje, augale ir produkcijoje ribinė vertė, taip pat detalizuojama tvarka, kaip sertifikavimo įstaiga turi vertinti taršos koncentraciją, atsižvelgdama į pateiktą laboratorijos tyrimo metodo paklaidą.
Siekiant ūkio subjektams suteikti daugiau galimybių dirvožemiui gerinti ir atsižvelgiant į šiltnamiuose auginamų augalų specifikaciją, nereikalaujama šiltnamiuose taikyti sėjomainos ir augalų kaitos, nurodytos Ekologinių žemės ūkio taisyklių 37 punkte.
