Atkūrus Nepriklausomybę „Žalgiris“ du sezonus nežaidė Europos turnyruose. 1990 metais paskelbus Kovo 11-osios aktą Lietuvos sportininkai pasitraukė iš SSRS čempionatų, o tarptautinės organizacijos ne iškart pripažino savarankišką Lietuvą, todėl mūsų šalies atstovai negalėjo dalyvauti oficialiose varžybose.
Lietuvos krepšinio federacija į FIBA grįžo tik 1991 metų gruodį, o šalies klubai į Europą išžygiavo 1992-1993 metų sezone.
„Žalgiris“ po Nepriklausomybės atkūrimo pirmąsias oficialias tarptautines rungtynes žaidė 1992 metų rugsėjo 10 d. Kauno komanda Europos klubų pirmajame atrankos etape namie susitiko su Liublianos „Olimpija“ ir nugalėjo 80:74.
Nors per atsakomąsias rungtynes Slovėnijos sostinėje Rimas Kurtinaitis pelnė net 36 taškus, „Olimpija“ laimėjo didesniu skirtumu, o žalgiriečiai tą sezoną iš Europos turnyro iškrito vos apšilę kojas.
Dešimtajame dešimtmetyje Europos klubų krepšinis išgyveno daug permainų. Keliskart buvo keičiama ir varžybų sistema, ir turnyrų pavadinimai. Buvusi Europos čempionų taurė tapo Europos klubų čempionatu, paskui – Eurolyga, Europos taurių laimėtojų taurė tapo Europos klubų taure, po to – Europos taure, o dar vėliau – Saportos taure.
Pirmojoje dešimtmečio pusėje „Žalgiris“ keturis kartus startavo Europos klubų čempionato atrankoje, bet į grupių etapą nepateko nė sykio. 1993 ir 1994 metų rudenį „Žalgiris“ neužsibuvo ir antrajame pagal rangą žemyno turnyre. Kauno komanda tuos du sezonus iš Europos klubų taurės iškrito trečiajame atrankos etape.
1993 metų rugsėjo 16 d. „Žalgiris“ iškovojo didžiausią visų laikų pergalę Europos turnyruose. Kauniečiai Europos klubų čempionato pirmajame atrankos etape sporto halėje 60 taškų skirtumu 124:64 sutriuškino islandų „Keflavik“ komandą.
Klubo metraštyje ryškiomis raidėmis įrašytos ir rugsėjo 9 d. Islandijoje vykusios rungtynės su „Keflavik“. Per jas Gintaras Einikis pelnė 50 taškų ir pasiekė iki šiol nepagerintą Lietuvos krepšininkų rezultatyvumo rekordą Europos turnyruose.
1998 metų sausio 20 d. sporto halėje „Žalgiris“ pasiekė dar vieną iki šiol nepagerintą rekordą – mažiausiai praleistų taškų. Kauno komanda užrakino savo krepšį per Europos taurės šešioliktfinalio atsakomąsias rungtynes su Nikosijos „Keravnos“ ekipa, kurią sutriuškino 73:40.
Viena juodžiausių „Žalgirio“ istorijos dienų buvo 1996 metų spalio 15-oji. Tą dieną „Žalgiris“ namie nelauktai nusileido Sankt Piolteno SUBA komandai 51:71. Kauniečiai pasiekė savo mažiausiai pelnytų taškų rekordą, kuris buvo pablogintas tik 2015 metų rudenį per rungtynes išvykoje su Krasnodaro „Lokomotiv“ klubu. Jam pralaimėta 50:80.
„Žalgiris“ pro atrankos barjerus pirmą kartą prasibrovė tik 1995-1996 metų sezone, prieš kurį iš Kauno išvyko G.Einikis, bet į gimtąjį miestą metams buvo grįžęs olimpinis čempionas R.Kurtinaitis.
Kauniečiai Europos klubų taurės atrankos trečiajame etape nugalėjo Nikosijos APOEL komandą ir iškovojo teisę žaisti antrojo pagal rangą žemyno turnyro grupių etape. Ten „Žalgiris“ pateko į pusfinalį, kuriame pripažino Salonikų PAOK pranašumą.
1996 metų vasario 13 d. „Žalgiris“ išvykoje atsakomąsias Europos klubų taurės pusfinalio rungtynes PAOK komandai pralaimėjo net 45 taškų skirtumu 59:104. Tai – didžiausias visų laikų „Žalgirio“ pralaimėjimas Europos turnyruose.
1995 metų vasarą didžiausias Europos krepšinio įvykis buvo „Panathinaikos“ klubo sutartis su NBA žvaigžde Dominique‘u Wilkinsu.
Garsusis amerikietis Senajam žemynui prisistatė per sporto halėje vykusias rungtynes su „Žalgiriu“ ir iškart pajuto, kad šioje Atlanto pusėje žaidžiamas kitoks krepšinis. Patekęs į Dariaus Maskoliūno gniaužtus, D.Wilkinsas pataikė vos 2 iš 12 metimų ir pelnė 9 taškus.
Po 1996 metais įvykdytos dar vienos Europos turnyrų reformos Lietuvos klubai dėl prasto reitingo galėjo žaisti tik antrajame pagal rangą Europos taurės turnyre.
1996-1997 metų sezone „Žalgiris“ šiame turnyre nukeliavo iki aštuntfinalio, o 1997-1998 metų sezone pasiekė finalą ir sukaupė pakankamai reitingo taškų, kad kitą sezoną vėl žaistų Eurolygoje.
1998 metų pradžioje žalgiriečiams sunkiausias buvo aštuntfinalio barjeras, kuriame jų laukė Bursos „Tofaš“. „Žalgiris“ išvykoje pralaimėjo pirmąsias rungtynes 62:66, bet atsakomąją dvikovą laimėjo 71:65, o pergalingus taškus paskutinėmis sekundėmis pelnė amerikietis Ennisas Whatley. Kitus varžovus Kauno krepšininkai įveikė daug lengviau.
Ilgai laukta „Žalgirio“ debiuto Eurolygoje valanda išmušė 1998 metų rugsėjo 24 d. Pirmąsias rungtynes stipriausiame žemyno turnyre kauniečiai žaidė Stambule, kur pralaimėjo „Fenerbahče“ klubui 84:99.
Tačiau pirmasis prisvilęs blynas Kauno komandos nesutrikdė. Ji užėmė pirmąją vietą tiek pirmojo etapo grupėje, tiek antrojo etapo, o per atkrintamąsias laimėjo visas šešerias rungtynes.
XX amžiaus pabaigoje „Žalgiris“ dvejus metus paeiliui žaidė Europos turnyrų finale ir abu kartus lemiamose dvikovose nugalėjo Italijos komandas. 1998 metais Kauno krepšininkai Europos taurės finale įveikė Milano „Olimpia“ 82:67, o 1999 metais Eurolygos finale – Bolonijos „Virtus“ 82:74.
Europos taurės finalo rungtynių naudingiausiu krepšininku buvo išrinktas 35 taškus įmetęs Saulius Štombergas, o Eurolygos finalo ketverto naudingiausiojo prizas buvo įteiktas amerikiečiui Tyusui Edney.
1998 metų Europos taurės finalas vyko Belgrade, tačiau ne toje pačioje arenoje, kurioje šįmet bus surengtas Eurolygos finalo ketvertas. Šį pavasarį geriausi Europos klubai susirinks 2004 metais atidarytoje „Beogradska“ arenoje, o prieš 20 metų kovojo „Hala Pionir“. 1999 metais pergalę Eurolygos finalo ketverto turnyre „Žalgiris“ šventė Miuncheno „Olympiahalle“.
Taurė, kurią 1999 metais gavo Eurolygos čempionu tapęs „Žalgiris“, vadinama Sidabriniu krepšiu. Šį prizą dar 1957 metais įsteigė Prancūzijos sporto dienraštis „L‘Equipe“, kuris XX amžiaus viduryje ir pasiūlė rengti Čempionų taurės turnyrą.
Iškart po didžiausio triumfo „Žalgiris“ išgyveno labai skaudų nuopolį. 1999 metų vasarą iš Kauno išvyko visi svarbiausi pergalės kūrėjai -T.Edney, Anthony Bowie, S.Štombergas, D.Maskoliūnas ir Dainius Adomaitis.
1999-2000 metų Eurolygos sezone pasikeitusi Kauno komanda anksti pasitraukė iš kovos dėl kelialapio į atkrintamąsias varžybas.
Paskutines rungtynes FIBA rengiamuose turnyruose „Žalgiris“ žaidė 2000 metų vasarį, kai išvykoje 64:76 pralaimėjo Maskvos CSKA.
„Žalgiris“ atkūrus Nepriklausomybę FIBA rengtuose turnyruose per aštuonis sezonus žaidė 101 rungtynes, iškovojo 59 pergales ir patyrė 42 pralaimėjimus.
Dešimtajame dešimtmetyje Europos turnyruose daugiausiai rungtynių „Žalgiryje“ žaidė Tomas Masiulis, D.Maskoliūnas (po 75), Eurelijus Žukauskas (58), Kęstutis Šeštokas (56), Tauras Stumbrys (53) ir D.Adomaitis (52).
Daugiausiai taškų pelnė tuo laikotarpiu tik du sezonus Kauno komandos aprangą vilkėjęs S.Štombergas (572), D.Adomaitis (565), K.Šeštokas (556) ir T.Masiulis (503). R.Kurtinaitis dešimtajame dešimtmetyje „Žalgiriui“ atstovavo tik du sezonus (iš tiesų, vieną pilną sezoną ir dalį kito sezono), bet Europos turnyruose per 20 rungtynių įmetė 420 taškų.
