Lukiškėse totoriai įsikūrė XIV-XVI a., o jų mečetė yra pavaizduota XIX a. pirmosios pusės litografijoje.
Savo šventykloje totoriai maldose prisimindavo Lietuvos didįjį kunigaikštį Vytautą, meldėsi už savo tautiečius, žuvusius 1794 m. Tado Kosciuškos sukilime. Čia 1812 m. buvo perskaitytas kreipimasis į totorius, raginantis suformuoti atskirą pulką Napoleono kariuomenėje.
Lukiškių totorių senosios kapinės egzistavo maždaug iki 1968 metų. Dalis šių XX a. trečiojo dešimtmečio kapinių buvo barbariškai išdraskyta Neries pakrantėje pradėjus statyti Puslaidininkių fizikos ir Chemijos institutus. Apie 1969 metus mečetės vietoje buvo pastatytas Puslaidininkių fizikos institutas, kartu buvo sunaikintos ir kapinės.
Amžininkų pasakojimu, tada atkasę žmonių kaulus darbininkai sutriko, darbai buvo porai dienų nutraukti. Paskui totorių palaikai buvo sudėti į dėžes ir išvežti nežinia kur. Šiose kapinėse stovėjusių antkapinių plokščių vėliau aptikta Rasų ir Antakalnio kapinių laiptuose. Dalį plokščių sugrąžino privatūs asmenys.
Dar 1989 m. Lietuvos totorių bendruomenė ėmė dėti pastangas, kad istorinių kapinių vieta būtų tinkamai įamžinta, tačiau tik 2009 m. ant Puslaidininkių fizikos instituto pastato kampo atsirado memorialinė lenta su užrašu „Šioje vietoje nuo XVI amžiaus buvo Lietuvos totorių maldos namai - mečetė ir kapinės. Sovietmečio valdžios sprendimu kapinės sunaikintos“.
Totorių bendruomenė siekia įamžinti savo protėvių atminimą pastatydama čia memorialinę stelą, vaizduojančią perlūžusią mečetę. Jos projektą sukūrė skulptorius Jonas Jagėla.
2010 m. pabaigoje Kultūros paveldo departamento Nekilnojamojo kultūros paveldo vertinimo tarybos ekspertai apibrėžė Vilniaus Lukiškių totorių kapinių teritoriją, užtikrindami teisinę jos apsaugą.
Senųjų totorių kapinių Vilniuje įamžinimas aptartas Lietuvos totorių nevyriausybinių organizacijų atstovų susitikime su kultūros ministru Arūnu Gelūnu. Susitikime dalyvavo pagrindinių Lietuvos totorių organizacijų lyderiai, Lietuvos musulmonų sunitų dvasinio centro valdybos pirmininkas, muftijus Romas Jakubauskas.
Taip pat aptartos galimybės įkurti totorių muziejų Kauno mečetės teritorijoje bei įtraukti Varėnoje veikiantį totorių muziejų į lankytinų objektų sąrašą.
Totoriai yra neatskiriama Lietuvos istorijos bei kultūros dalis. Pirmieji ryšiai su jais užfiksuoti dar kunigaikščių Gedimino, Algirdo laikais. Masiškai kraustytis į Lietuvos Didžiąją Kunigaikštystę jie ėmė valdant Vytautui Didžiajam. Čia jie gaudavo žemės valdas, o už tai turėdavo nemokamai dalyvauti karo žygiuose. Iki pat XX a. totoriai tarnaudavo kariuomenėje, dalyvavo visose bendros Lietuvos ir Lenkijos valstybės karinėse kampanijose.
