Vilniaus ekipoje M. Miličkovičius per du sezonus visuose turnyruose sužaidė 74 rungtynes, įmušė 12 įvarčių ir atliko 9 rezultatyvius perdavimus.
2022 metų taurės finalo rungtynėse M. Miličkovičius įmušė pirmą įvartį bei asistavo antrajam ir buvo išrinktas geriausiu dvikovos žaidėju.
Su žalgiriečiais jis pirmąjį savo sezoną laimėjo čempionatą, taurę, žaidė UEFA Konferencijų lygos grupių etape, o šiemet iškovojo ir Supertaurę.
