Nepaisant to, dėl Ignalinos atominės elektrinės uždarymo sąlygotos smarkiai padidėjusios elektros energijos gamybos 2010 metais elektrinės CO2 tarša siekė 1,144 mln. t, tai yra buvo 1,86 karto didesnė nei vidutiniškai 2008-2009 metais ir 1,91 karto didesnė nei pagal nacionalinį Lietuvos apyvartinių taršos leidimų paskirstymo planą 2008-2012 metams AB „Lietuvos elektrinei“ suteikta apyvartinių taršos leidimų (ATL) vieneriems metams.
Tokia situacija susiklostė dėl to, kad, rengiant nacionalinį Lietuvos ATL paskirstymo planą 2008-2012 metams, apyvartiniai taršos leidimai Lietuvos įmonėms buvo paskirstomi atsižvelgiant tik į faktinę gamybą 2002-2006 metais, bet nevertinant numatomų rinkos pokyčių, taip pat ir Ignalinos AE uždarymo įtakos elektros energijos gamybos padidėjimui Lietuvos kurą deginančiose elektrinėse.
AB „Lietuvos elektrinė“ apyvartinių taršos leidimų trūkumas 2010 metams, kurį teks kompensuoti įsigyjant leidimus ES rinkoje, yra apie 600 tūkst. apyvartinių taršos leidimų. Numatomas „Lietuvos elektrinės“ lėšų poreikis ATL įsigijimui prie dabartinės ATL rinkos kainos yra apie 30 mln. Lt.
Numatoma, kad dėl ATL įsigijimo 2011-2012 metais 1,56 ct/kWh padidės „Lietuvos elektrinės“ į tinklą patiektos elektros energijos savikaina.
2007-ųjų rudenį Lietuva kartu su keliomis kitomis ES valstybėmis pateikė ieškinį EB Pirmosios instancijos teismui, kuriame prašoma pripažinti negaliojančiu Europos Komisijos sprendimą dėl Lietuvos nacionalinio paskirstymo plano ir siekiama naujo sprendimo, suteikiant didesnį ATL skaičių įrenginiams, siejant šį poreikį ir su Ignalinos AE uždarymo įtaka.
Analogišką Estijos ieškinį prieš Europos Komisiją teismas patenkino, ir Estija parengė planą paskirstyti papildomus apyvartinius taršos leidimus savo įrenginiams.