„PathoMap“ projekto metu buvo imami mėginiai nuo suoliukų, turėklų, rankenų ir kitų atributų, kuriais kasdien naudojasi 5,5 mln. žmonių, paviršių. Mėginiai buvo imami 466 Niujorko metropoliteno stotyse. Iš viso tyrimo metu metro stotyse buvo rasta 15 152 organizmų rūšys, pusė iš jų – bakterijos. „The Wall Street Journal“ iš tų duomenų sudarė įdomų mikrobiologinį Niujorko metropoliteno žemėlapį (jį rasite čia), iliustruojantį, kad metro stotyse tarpsta didžiulė bakterijų įvairovė – pradedant mocarelos sūrio bakterijomis, baigiant stafilokokais.
Per pastaruosius kelerius metus genetinio kodo nustatymo (sekvenavimo) technologijos taip ištobulintos, kad jos dabar atliekamos kur kas greičiau, o ir kainuoja gerokai mažiau. Taip atveriamos galimybės metagenomo tyrinėjimams. Tai reiškia, kad jau įmanoma imti, tirti ir identifikuoti visų aplink esančių gyvų organizmų DNR – žmonių, augalų, bakterijų, tarakonų ir t.t.
Bėda ta, kad „bibliotekos“ apie genomo įvairovę kol kas yra apytuštės – nuskaitytas dar toli gražu ne visų gyvų organizmų genomas. Ir štai kur bėda: jei aš nežinau, koks yra tarakono genomas, kaip galiu būti tikras, kad DNR mėginys priklauso tarakonui?
Kaip tik dėl šios priežasties pusė DNR mėginių liko neidentifikuoti – jie nepriklauso jokiam žinomam gyvam organizmui, kurio DNR kodas jau yra iššifruotas.
Per 18 mėnesių tyrėjai Niujorko metro rado ir buboninio maro (priemiesčiuose), meningito (miesto centre), žarnyno ligų (finansinių institucijų rajone) užkratų ir antibiotikams atsparių infekcijų sukėlėjų. Tačiau kur kas daugiau buvo rasta gerųjų bakterijų, kurios eliminuoja pavojingas chemines medžiagas ir nuodingas atliekas.
Tačiau kalbant apie bakterijų pasaulį, metagenomo tyrimų metu atrandama daug naujų, iki šiol nežinotų bakterijų. Tiesa, tyrėjai mėginiuose rado ir daugybę nemikrobinės kilmės DNR. Kaip rašo „The Wall Street Journal“, nemikrobinės kilmės DNR duomenų masyve dominuoja žmogaus DNR, tačiau ne mažiau tokio tipo DNR mėginių priskirtini vabalams ir musėms.
Neįtikėtina, tačiau kitas labiausiai paplitęs nebakterinis DNR mėginys po išvardintųjų priklauso agurkams. Lyg juos kas nors ten augintų! Tiesa, labiau tikėtina, kad kompiuterinė programa visų augalų DNR suvedė į „agurkų“ katalogą.
Nors buvo ir dar keistesnių dalykų.
„Niujorko metro identifikuota ir labai neįprastų DNR mėginių, kurie priklauso: Tasmanijos velniams, Himalajų jakams, Viduržemio vaisinei muselei, – rašo „The Wall Street Journal“. – Kažin, ar šie gyvūnai naudojasi Niujorko metro paslaugomis...“
