Naujai nustatytas genas, vadinamas ORF3d, yra pavyzdys to, kas vadinama persidengiančiu genu: savotiškas „geno genas“, kuris efektyviai pasislepia virtinėje nukleotidų, nes sutampa su kitų genų sekomis.
„Pagal genomo dydį SARS-CoV-2 ir jam giminiški virusai turi vienas ilgiausių RNR grandinių, kokios tik egzistuoja, – aiškina JAV Gamtos istorijos muziejaus bioinformatikas Chase'as Nelsonas. – Taigi, jie galbūt labiau linkę į „genomines gudrybes“ nei kiti RNR virusai“.
Virusai iš tikrųjų gana linkę turėti sutampančius genus, todėl tai nėra šokiruojantis atradimas. Ar ORF3d iš tikrųjų yra „genominė gudrybė“, dar reikia ištirti – tačiau bet kuriuo atveju, tai tikrai keblu nustatyti.
Genetinėse sekose sutampančius genus nustatyti sunku, nes genomų nuskaitymo sistemos, skaitydamos genetinio kodo eilutes, dažnai gali juos praleisti: jos užprogramuotos surasti individualius genus, tačiau nebūtinai mato svarbiausias instrukcijas kuriomis dalinasi gretimi nukleotidų sekos genai.
Tokių virusų kaip SARS-CoV-2 kontekste tai gali sukelti rimtą akląją zoną. Mokslininkai stengiasi kuo daugiau suprasti apie šį pasaulinę sumaištį keliantį virusą nuo šių metų pradžios, ir nors kai kurie jo genetinės sudėties aspektai buvo nustatyti (įskaitant tvirtą sutarimą, kad virusas nebuvo „pagamintas laboratorijoje“), lieka dar daug nežinomų dalykų.
„Persidengiančių genų nepastebėjimas mums kelia pavojų nepamatyti svarbių virusinės biologijos aspektų, – sako C.Nelsonas. – Genų persidengimas gali būti viena iš koronavirusų savybių, leidžiančių jiems efektyviai daugintis, trukdyti šeimininko imunitetui ir sėkmingai perduoti save“.
Nuskaitydami genomo duomenų bazes, mokslininkai nustatė, kad genas jau buvo identifikuotas anksčiau – tačiau tik viename koronaviruso variante, kuris paveikė skujuočius (aptiktas Guangxi mieste Kinijoje).
Anksčiau jis taip pat buvo neteisingai klasifikuojamas kaip visiškai nesusijęs genas ORF3b, kurio esama kituose koronavirusuose, įskaitant SARS-CoV – tačiau iš tikrųjų tai nėra tas pats genas.
„Abu genai nėra susiję ir koduoja visiškai skirtingus baltymus, – sako C.Nelsonas. – Tai reiškia, kad žinios apie SARS-CoV ORF3b neturėtų būti taikomos SARS-CoV-2 ORF3d atveju.“
Viena, ką mes žinome apie paslaptingąjį geną, tai kad remiantis ankstesniais COVID-19 pacientų kraujo tyrimais, ORF3d sukelia stiprų antikūnų atsaką. Tačiau ar jis tikrai suaktyvina ir gynybines T ląsteles, vis dar nežinoma. Genas gali būti sąlyginai gerybinis, bet gali tokiu ir nebūti.
„Mes dar nežinome jo funkcijos, nei klinikinės reikšmės, – sako C.Nelsonas. – Tačiau prognozuojame, kad priešingai nei antikūnų atsako atveju, tai, kad jį atpažįsta T ląstelių reakcija, yra sąlyginai mažai tikėtina. Galbūt tai susiję su tuo, kaip šis genas išvis atsirado“.
Tačiau vienas dalykas yra tikras: kai virusas turi tik apie 15 žinomų genų, dar vieno geno atradimas yra reikšmingas įvykis. Kiek reikšmingas, mokslininkai dabar bandys išsiaiškinti.
Tyrimas paskelbtas „eLife“.
Parengta pagal „Live science“.
