N.Wintonas sutiko ir atvyko į Prahą – ir buvo šokiruotas vaizdo, kurį pamatė: tūkstančiai pabėgėlių buvo vejami iš Sudenų krašto ir Čekoslovakijos, kuri jau buvo kontroliuojamas nacių. Niekas neturėjo plano, kaip išgelbėti pabėgėlius nuo artėjančių nacių.
Todėl N. Wintonas nusprendė veikti. Jis susisiekė su įvairių šalių vyriausybėmis prašydamas pagalbos, tačiau padėti sutiko tik Švedija ir Didžioji Britanija. Didžiosios Britanijos vyriausybė sutiko į savo šalį įsileisti vaikus, jeigu N. Wintonas sugebės surasti jiems namus ir už kiekvieną vaiką sumokės po 50 svarų sterlingų užstatą.
1939 m. tarp kovo ir rugpjūčio N. Wintonas dienomis dirbo biržos makleriu, o naktimis gabendavo vaikus į Jungtinę Karalystę. Ieškodamas vaikams šeimų, jis britų laikraščiuose ir bažnyčiose platino skelbimus. Vyras surinko pinigų transportavimui bei rūpinosi logistika – kai vyriausybė dirbo pernelyg lėtai, net pats gamindavo leidimus įvažiuoti į šalį.
N. Wintonas dirbo iki karo pradžios, kol išvežti vaikų iš Čekoslovakijos tapo neįmanoma. Tokiu būdu jis išgelbėjo 669 vaikus. Dar įspūdingiau yra tai, kad apie tai jis niekam nepasakojo net 50 metų! Apie tai nežinojo net jo žmona Grete, kol 1988 metais palėpėje ji atrado iškarpų albumą su nuotraukomis, įrašais, vardais ir dokumentais, liudijančiais savo vyro žygdarbį.
Išgelbėti vaikai, kurie šiuo metu patys jau yra pensinio amžiaus, iki pat šiol save vadina “Wintono vaikais”. Iki pat gyvenimo pabaigos 2015 m. pats N.Wintonas sakydavo, jog nėra nebūdavo nė vienos savaitės, kurią jis nesusisiektų su bent vienu iš vaikų – ar jų giminaičiais.
