Nuo 2005 metų kartu su Kevinu Johnsonu jis vadovavo „Windows“, „Windows Live“ internetinio verslo, rinkos plėtros, platformos populiarinimo ir tarnybinių stočių bei priemonių kūrimo grupėms. Iki 2005 metų, J. Allchino buvo atsakingas už „Windows“ operacinių sistemos ir „Microsoft .NET“ platformų kūrimą, techninę architektūrą ir pateikimą. Jo vadovaujama darbuotojų grupė turėjo sukurti programinės įrangos platformą, kuri taptų vartotojų ir verslo sistemų kasdieninės veiklos pagrindu.
Kartu su Steve'u Ballmeriu ir Billu Gatesu, J. Allchinas priklausė vyriausiajai lyderių grupei (Senior Leadership Team), kuri rūpinosi „Microsoft“ strategijos klausimais. Apibūdindamas sunkumus kuriant „Vista“, tuomet dar vadintą „Windows Longhorn“, interviu „Wall Street Journal“ laikraščio atstovams J. Allchinas buvo pasakęs, kad „Windows“ kūrimo procesas buvo iš esmės blogas. Anot jo, jis pats buvo pranešęs B. Gatesui, kad tokiu būdu nepavyks nieko pasiekti ir viską reikia keisti iš esmės. Dėl to apie 60 proc. „Vista“ branduolio kodo buvo paprasčiausiai perrašyta iš naujo. Tiesa, Australijos „SmartOffice“ portale šios naujienos jau nebėra, tačiau paieškojus („Microsoft Windows Is Offically Broken“) galima aptikti šio straipsnio kopiją. Tiesa, internetinėje „Wikipedia“ enciklopedijoje galima aptikti ir įdomesnių J. Allchino minčių, kurios verčia abejoti „Microsoft“ kompanijos verslo politikos skaidrumu.
Prieš ateidamas 1990 metais dirbti į „Microsoft“, J. Allchinas padėjo įkurti „Banyan Systems Inc.“ kompaniją, kurioje jis septynerius metus dirbo tinklinės operacinės sistemos “VINES“ architektu, kol galiausiai tapo vyriausiuoju technologu ir viceprezidentu. Kaip ir daugelis kitų kompiuterinių programų, „VINES“ pasitraukė iš rinkos, neatlaikiusi „Windows“ operacinių sistemų spaudimo. Dar anksčiau J. Allchinas buvo principinis objektinės operacinės sistemos „Clouds“ architektas bei „Texas Instruments“ padėjo kurti DX operacinių sistemų seriją.