Pradedama vykdyti slapta operaciją pavadinimu „Magnitudė“ kurioje dalyvauja specialus britų karinis dalinys, o jo kapitonu taps pagrindinis „Arma III“ veikėjas, Scotas Milleris. Dalinio užduotis slapta įsibrauti į priešo valdomą bei uoliai saugomą Viduržemio jūros salą ir pavogti itin svarbius dokumentus, galinčius lemti visą karo eigą. Deja, kareivių išlaipinimo į salą metu jūsų būrys užpuolamas, visi kariai žūvą. Išgyventi pasiseka tik vieninteliam kapitonui Milleriui. Likimas jam pateikė nesaldžią dovanėlę. Likęs vienas jis stengsis išlikti gyvas priešų pilnoje saloje. Jeigu pasiseks jis sulauks pastiprinimo. Bet svarbiausia užduotis išlieka ta pati. Surasti ir nugvelbti svarbius Irano dokumentus.
