Tokį Mokslo ir studijų įstatymo 93 straipsnio 6 dalies baigiamosios nuostatos taikymo išaiškinimą Lietuvos mokslo tarybai pateikė Švietimo ir mokslo ministerija. Šioje nuostatoje sakoma, kad universitetai teisę vykdyti doktorantūrą kartu su valstybės mokslo institutais ar universiteto mokslo institutais turi iki 2010 m. sausio 1 d. Dėl to kilo pagrįstas klausimas, kaip dabartiniai tarpinstitucinių programų doktorantai turėtų tęsti studijas 2010-aisiais.
Mokslo tarybos pirmininko prof. Eugenijaus Butkaus teigimu, tokia tvarka padės išlaikyti tęstinumą ir pereinant prie naujųjų Doktorantūros nuostatų.
Naujų Doktorantūros nuostatų projektą Švietimo ir mokslo ministerijai taryba žada pateikti gruodžio mėnesį.
Tarybos teigimu, šiam senųjų ir naujųjų doktorantūros nuostatų pasikeitimui pritaria ir akademinė bendruomenė. Šie principai turėtų būti išdėstyti Vyriausybės nutarime, kuriuo bus tvirtinami naujieji nuostatai.