Į MTEP investavusioms bendrovėms leidžiama tris kartus iš pajamų atskaityti įmonių sąnaudas, patirtas atliekant MTEP, taip pat įsigyjant nustatytose užsienio valstybėse atliktus MTEP. Įprastai sąnaudos atskaitomos tik vieną kartą.
Be to, leidžiama į sąnaudas nurašyti MTEP veikloje naudojamo ilgalaikio turto įsigijimo kainą per dvejus metus. Iki Pelno mokesčio įstatymo pakeitimų ši kaina į sąnaudas buvo perkeliama per 3-8 metus.
„Kadangi šios mokestinės paskatos yra palyginti neseniai įsigaliojusios, jaučiame pareigą inovatyvioms įmonėms priminti apie šią galimybę. Mūsų tikslas - paskatinti verslo motyvaciją investuoti į mokslo laimėjimus ir aukštąsias technologijas, o ne į vartojimą“, - sako ūkio viceministras Mindaugas Petrauskas.
Pelno mokesčio įstatymo pakeitimus dėl mokesčio lengvatų investicijoms į MTEP Seimas priėmė 2008 metais, įmonės šiomis lengvatomis galėjo naudotis apskaičiuodamos ir praėjusių metų apmokestinamąjį pelną.
Pelno mokesčio lengvatos investicijoms į mokslinius tyrimus ir eksperimentinę plėtrą orientuotos į įmones, kurios pačios kuria didelės pridėtinės vertės naujoves - naujas medžiagas, technologijas ir pan.
Iš Europos Sąjungos 2007-2013 metų struktūrinės paramos MTEP skirta daugiau nei 2 milijardai litų (10 proc. visos struktūrinės paramos).