Pasak dienraščio, saugumo tarnybos registracijos knygose nurodoma, kad
kunigas J.Kowalczykas į agentų tinklą slapyvardžiu „Cappino“ buvo įtrauktas
1982 metų gruodžio 15 dieną, o išbrauktas 1990 metų sausį.
Dienraščiui pavyko surasti šifrogramą, iš kurios aiškėja, kad
J.Kowalczykas palaikė ryšius su agentu, slapyvardžiu „Pietro“, - taip buvo
vadinamas komunistinės Lenkijos ambasados Italijoje antrasis sekretorius
Edwardas Kotowskis.
Pažintį su E.Kotowskiu Lenkijos katalikų agentūrai patvirtino ir pats
nuncijus, tačiau jis sakė nieko nežinojęs apie tai, kad šis ambasados
darbuotojas yra komunistinio saugumo bendradarbis.
Dienraščio aptiktoje šifrogramoje minimas ir Jono Pauliaus II vizitas
Lenkijoje 1983 metų birželį. „Cappino“ praneša apie skirtingas Lenkijos
Katalikų bažnyčios hierarchų nuomones rengiant vizito programą. Prie
dokumento yra prierašas: „Šaltinis patikrintas. Informacija patikima“.
„Rzeczpospolita“ pažymi, kad šis dokumentas nebuvo žinomas Bažnyčios
ekspertų grupei. Ji trečiadienį paskelbtame pranešime spaudai tvirtina,
kad „dokumentuose nerasta jokių nuorodų, jog kunigas prelatas J.Kowalczykas
būtų bendradarbiavęs su komunistiniu saugumu“.
Tokiai nuomonei pritarė ir asmeninis Jono Pauliaus II sekretorius,
dabartinis Krokuvos metropolitas kardinolas Stanislawas Dziwiszas.
Komisijos tyrimų rezultatai nebuvo skelbti. 2007 metų lapkritį komisija
viešai pareiškė, kad nėra jokių įrodymų apie galimą dabartinių vyskupų
bendradarbiavimą su komunistinio saugumo tarnybomis.