Kamalduliai – nuo visuomenės atsiskyrusių vienuolių ordinas, įkurtas XI a. Italijoje. Lietuvoje buvo tik du kamaldulių vienuolynai: Pažaislio bei Vygrių.
Iki 1831 m. Pažaislio vienuolynas dėl savo iškilios architektūros buvo pavyzdys ne tik Kauno miesto, bet ir visos Lietuvos bažnyčioms. Pasak prof. L.Šinkūnaitės, negalėdamos atsispirti Pažaislio vienuolyno grožiui, jos žvelgė ir į savo aplinką atidžiai ir rūpestingai. Vienuolyno skulptūros, paveikslai, portretai buvo ypatinga mokykla, iš kurios sėmėsi idėjų tvarkant savąsias šventyklas. Pavyzdžiui, Šv.Jurgio Kankinio, Kauno arkikatedra ir kitos bažnyčios stengėsi sukurti sudėtingas ikonografines programas.
Po 1831 m. sukilimo situacija iš esmės pasikeitė, kamalduliškoji tradicija užgeso. Pažaislio vienuolynas buvo pritaikytas Uspenijos soborui ir stačiatikių vienuolynui. Kamalduliai buvo ištremti į vienuolynus Mogiliovo srityje, jų turtas konfiskuotas. Kamaldulių vienuolyno ansamblis buvo nepataisomai nuniokotas.
1840 m. ortodoksai iš esmės ėmėsi bažnyčios pertvarkos siekdami jos vidaus erdvei suteikti cerkvės pavidalą. Norėta koreguoti kupolo tapybą, pavyzdžiui, pertapyta šventųjų apranga, apaštalams pritapytos barzdos, kad jie būtų labiau panašūs į stačiatikių vienuolius. Kita vertus, kai kam buvo nelengva patikėti, kad apaštalai kupolo burėse pakeisti stačiatikių tapytojų.
1860 m. buvo nuverstos ir suskaldytos Didžiųjų vartų brandžiojo baroko stiliaus skulptūros. Kaip atrodė šios skulptūros, dabar galima pamatyti tik išlikusioje vienintelėje vienuolyno graviūroje ir nuotraukoje.
„Graviūroje matyti, kad virš Didžiųjų Pažaislio vienuolyno vartų kadaise stovėjo kamaldulių ordino įkūrėjo šv.Romualdo skulptūra, o vartų šiaurinėje pusėje buvusi vienuolyno abato Benedikto skulptūra. Jis vienoje rankoje laikė lazdą, kitoje – kaukolę ir tik iš šių daiktų pavyko jį atpažinti. Manoma, kad pietinėje pusėje turėjo stovėti šv.Benedikto statula,“ – pasakoja L.Šinkūnaitė.
Mokslininkei taip pat pavyko atkurti šventoriaus sakralinės erdvės raišką, rekonstruoti anksčiau buvusį bažnyčios fasado vaizdą, t. y. įsivaizduoti keturias smiltainio statulas, stovėjusias ant baliustrados. 1860 m. šios statulos taip pat buvo sudaužytos. Tai itin didelis praradimas, nes statulos – Švč.Mergelė Marija su šv.Elzbieta viduryje, su šv.Juozapu ir Palaimintuoju Simeonu kraštuose – stovėjo virš baliustrados kupolo fone ir buvo labai svarbi kompozicinė, meninė ir semantinė bažnyčios pagrindinio fasado dalis. Mokslininkei pavyko Pažaislio vienuolyne išsiaiškinti ir atkurti tris krikščioniškąsias misijas: Šv.Adalberto Vaitiekaus, Penkių brolių benediktinų ir šv.Brunono Bonifaco.
Šiuo metu Pažaislio vienuolyną prižiūri šv.Kazimiero kongregacijos seserys.
