Pakalniškių piliakalnio su priešpiliu ir gyvenviete teritorijoje įrengti nauji mediniai ir akmeniniai laiptai, pėsčiųjų takai, apžvalgos aikštelės. Taip pat pastatyti nauji suolai, informaciniai ženklai, rodyklės, riboženkliai, piliakalnio aikštelės užtvaras. Šių statinių vietose atlikti detalieji archeologiniai tyrimai.
Piliakalnis buvo supiltas netoli buvusio Pakalniškių kaimo, kuris, pastačius Kauno hidroelektrinę, atsidūrė marių dugne.
Padavimas pasakoja, kad ant piliakalnio buvusi valdovo Vaišvydo pilis. Kartą, padedant išdavikams, priešai pilį sugriovė iki pamatų ir po to ji nebebuvo atstatyta. Iki 1958 m. piliakalnio papėdėje buvo Pakalniškių kaimas, vėliau iškraustytas dėl Kauno hidroelektrinės statybos. Ant piliakalnio išlikusios Pirmojo pasaulinio karo apkasų liekanos.
Pernai buvo kompleksiškai sutvarkytas kitas Kauno rajone esantis panašus objektas – Pyplių piliakalnis.