Valdybos pirmininku paskirtas Vilniaus savivaldybės Tarybos sekretorius Paulius Paulionis, o valdybos nariais – Vilniaus m. savivaldybės Kultūros ir ugdymo departamento direktorė Lijana Kairienė, Vilniaus savivaldybės Kultūros ir ugdymo departamento vyriausioji specialistė Renata Lisovska, kultūros ministro patarėja Viktorija Vaitiekutė ir kultūros ministro patarėjas Liudas Šukys.
„Tikimės, kad suformavus įstaigos valdybą, bus operatyviau priimami steigėjų kompetencijoje esantys sprendimai, o tai padės įstaigos vykdomiems projektams“, – teigia VšĮ „Vilnius – Europos kultūros sostinė 2009“ direktorė Elona Bajorinienė.
VšĮ „Vilnius – Europos kultūros sostinė 2009“ valdyba tvirtins įstaigos parengtas metines bei atskirų renginių, projektų sąmatas, svarstys įstaigos metines finansines, veiklos ataskaitas ir planus, kontroliuos jų įgyvendinimą, tvirtins įstaigos struktūrą.
Pagal naująją įstaigos įstatų redakciją, įstaigos valdymo organai yra šie: visuotinis įstaigos dalininkų susirinkimas, įstaigos valdyba ir įstaigos vadovas – direktorius. Įstaiga taip pat turi kolegialų patariamąjį organą – įstaigos tarybą.
2008 m. vasario 6 dieną Vyriausybės sprendimu patvirtintos nacionalinės programos „Vilnius - Europos kultūros sostinė 2009“ įgyvendinimą koordinuoja kultūros ministerija ir Vilniaus miesto savivaldybė. VšĮ „Vilnius – Europos kultūros sostinė 2009“ yra viena iš šios programos vykdytojų.