1999 m. šį kultūros paveldo vertybe pripažintą dvarą perdavus Biržų rajono savivaldybei, drauge jai atiteko ir pareiga užtikrinti jo išsaugojimą. Visgi nepaisant pasikartojančių departamento reikalavimų apsaugoti dvaro sodybos fragmentus nuo neigiamo aplinkos poveikio bei atlikti būtiniausius tvarkybos darbus, avarinę būklę pasiekusiuose rūmuose daugiau nei dešimtmetį nieko nebuvo daroma.
Irutė Varzienė, Biržų rajono mere išrinkta prieš trejus metus, apgailestavo kad dvaro tvarkybos ir apsaugos darbų nebuvo imtasi anksčiau, tačiau teigė, kad šiuo metu sunkioje finansinėje padėtyje atsidūrusi savivaldybė nėra pajėgi skirti lėšų visiškai pastato restauracijai. Šiuo metu nėra ir dėmesio vertų pasiūlymų dėl vėlesnio pastato pritaikymo.
Anot Kultūros paveldo departamento direktorės Dianos Varnaitės, Balandiškių dvaro ateities klausimo nebegalima atidėlioti, deja, tarp esamų pasirinkimų nėra nė vieno idealaus. Tačiau net ir radus lėšų restauracijai būtų sunku jį paversti visuomenei patrauklia vieta, nes netoliese sodybos įsikūrusi liūdnai pagarsėjusi Agaro kiaulių skerdykla bei kiti aplinką teršiantys pramoniniai pastatai.
Susitikimo metu ir departamento direktorė, ir Biržų rajono merė išreiškė nuomonę, jog esamomis sąlygomis geriausia būtų leisti ekspertams pastatą išmontuoti išsaugant unikalias medžiagas ir jas konservuoti.
Prieš pradedant darbus būtų atliekami matavimai, rąstai ir sienojai sužymimi, kad ateityje, pasitaisius Biržų finansinei situacijai, pasikeitus dabartinės dvarvietės aplinkai ar radus pastatui tinkamesnę vietą, jį būtų galima atstatyti.
Tokia praktika Lietuvoje jau taikyta: Kėdainių rajone stovėjęs ir 1987 m. išardytas Aristavėlės dvaras šiame dešimtmetyje atgimė Rumšiškių liaudies buities muziejuje.
XVIII amžiaus statytas Balandiškių dvaras priklausė Borowskiams, o vėliau – grafams Komorowskiams, dabartinio Lenkijos prezidento Bronislawo Komorowskio protėviams.
