Vydūno draugija daug prisidėjo, kad Bitėnų kapinėse (Pagėgių sav.) atsirastų Mažosios Lietuvos panteonas. Jo kūrimas prasidėjo 1991 m. perlaidojant čia Vydūno palaikus. V.Bagdonavičius buvo vienas iš iniciatorių įsteigti Kintuose (Šilutės r.) Vydūno kultūros centrą. Per 20 šios įstaigos gyvavimo metų Vydūno draugija ir V.Bagdonavičius kasmet čia skleidžia Vydūno mintis, organizuoja stovyklas ir kitus renginius.
Gilindamasis į su vydūnistikos tyrimais susijusį istorinį kontekstą, V.Bagdonavičius daug dėmesio skiria Mažajai Lietuvai – dalyvavo rengiant keturių tomų Mažosios Lietuvos enciklopediją. 2008–2013 m. V.Bagdonavičius parengė ir išleido 3 monografijas, parengė ar sudarė 6 leidinius, publikavo 46 straipsnius, skaitė daugybę pranešimų konferencijose.
1992 m. Kultūros ministerijos įsteigta Valstybinė J.Basanavičiaus premija skiriama kasmet už reikšmingus pastarųjų penkerių metų Lietuvoje ir užsienyje gyvenančių lietuvių darbus, susijusius su etninės kultūros tradicijų plėtojimu, puoselėjimu, ugdymu ir tyrinėjimu, taip pat kūrybinę ir mokslinę veiklą etninės kultūros srityje. Premija skiriama iki lapkričio 15 d., o įteikiama J. Basanavičiaus gimimo dienos, lapkričio 23-iosios, proga Lietuvos nacionaliniame muziejuje.
