J.Marcinkevičius gimė 1937 metais Zarasuose. 1958–1971 m. ir 1979–2000 m. jis dirbo Lietuvos televizijoje, 1971–1979 m. – Lietuvos kino studijoje. Operatorius bendradarbiavo su visa plejada garsių dokumentinio ir vaidybinio lietuvių kino režisierių, nufilmavo reikšmingų muzikinių televizijos juostų.
Tvirčiausia partnerystė jį siejo su Henriku Šablevičiumi („Mėnesienos pasaka“, 1967 m., „Atspindžiai“, 1968 m., „Altajaus montažas“, 1969 m., „Mažos mūsų nuodėmės“, 1979 m.) ir Algirdu Araminu („Maža išpažintis“, 1972 m., „Ilga kelionė prie jūros“, 1976 m., „Pasigailėk mūsų“, 1978 m., „Andrius“, 1980 m.). Etapinius filmus J.Marcinkevičius padėjo sukurti žymiai televizijos muzikinių juostų režisierei Jadvygai Janulevičiūtei („Divertismentas“, 1972 m., „Vargonų maestro“, 1976 m., „Žmogaus balsas“, 1979 m., „Smuikininkas“, 1983).
Muzikalaus operatoriaus jautrią akį vertino ir šviesaus atminimo Arūnas Žebriūnas („Mirtis ir vyšnios medis“, su A. Juknevičiumi, 1968 m., „Naktibalda“, 1973 m.), Algimantas Kundelis („Nerami rudens diena“, 1975 m.), R. Vabalas („Ties riba“, 1973).
Paskutiniuosius gyvenimo metus pasiligojęs menininkas praleido Vilniuje su dukros šeima, o prieš tai jūros ilgesys jį buvo išviliojęs iš sostinės į Klaipėdą.