S.Jakštas iš tarnybos buvusios Lietuvos SSR KGB pasitraukė tik 1990 m. rugsėjo 6 dieną, t.y. gerokai vėliau po nepriklausomybės paskelbimo. Mat neilgai trukus po 1990 m. kovo 11-osios iš KGB pasitraukė 38 saugumiečiai, tačiau tarp jų S.Jakšto nebuvo.
S.Jakštas, agentūrai iš esmės vadovaujantis jau metus (iš pradžių direktoriaus pareigas ėjo laikinai, pavaduodamas buvusį vadovą, kai dokumentų klastojimu buvo apkaltintas, bet teismo išteisintas neseniai atsistatydinusio iš finansų ministro posto Z.Balčyčio sūnus Donatas), sutiko „Ekstrai“ papasakoti savo tarnystės sovietų saugumui aplinkybes.
Anot S.Jakšto, sovietų saugumo jis kurį laiką nepalikęs tik todėl, kad, dirbdamas kadrų skyriuje, galėjo gauti ir nepriklausomos Lietuvos tarnyboms perduoti reikšmingą informaciją, apie kurios turinį kalbėti nevalia ir šiandien. Ši veikla nebuvo nepastebėta KGB - jo darbo vietoje, namuose buvo atliekamos kratos, atimtas tarnybinis ginklas.
Pats S.Jakštas oficialiai areštuotas nebuvo, tačiau kurį laiką neturėjo teisės palikti KGB pastato, šalia kabineto, kuriame ir nakvota, budėjo ginkluotas desantininkas. Vis dėlto medžiagos kariniam tribunolui nepakako, todėl S.Jakštas buvo atleistas „už saugumo karininko vardo diskreditavimą“.
Prieš tai neformali KGB organizacija Karininkų sąjunga už „karinės priesaikos išdavystę, perėjimą į socialistinės tėvynės priešų pusę, valstybinės ir karinės paslapties išdavimą“ S.Jakštą ir dar du asmenis pasmerkė mirties bausmei.
„Po išėjimo nepalaikau jokio ryšio su KGB. Visuose dokumentuose deklaruoju apie savo buvusį darbą, o tai geriausias būdas atsispirti galimam šantažui. Tai supratau iš pat pradžių, - teigė S.Jakštas, iki šiol gaunantis anoniminių grasinamų laiškų. - Sąmoningai nedalyvauju jokioje politinėje veikloje, bet negi dėl buvusio priklausymo KGB turėčiau bėgti iš Lietuvos? Paprasčiausias atsitiktinumas lėmė, kad tapau Lietuvos verslo paramos agentūros direktoriumi, tačiau jei Lietuvai tai taptų nepriimtina, iš karto išeičiau į privatų verslą“.
Klausiamas, kodėl vis dėlto ėjo tarnauti sovietiniam saugumui, S.Jakštas teigė, kad teisę baigusiam jaunuoliui buvo įteigta, kad tai vienintelė sąžininga sovietų įstaiga.
Valstybės saugumo departamento ir Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centro bendru teikimu Administracinis teismas 1999 m. rugsėjo 6 d. nusprendė S.Jakštui netaikyti įstatymo „Dėl SSRS valstybės saugumo komiteto (NKVD, NKGB, MGB, KGB) vertinimo ir šios organizacijos dabartinės veiklos“ numatytų apribojimų.