G.Bagdonas keičia Karinio štabo viršininko pavaduotoją žvalgybai generolą majorą Joao Nuno Vaz Antunesą. ES karinio štabo viršininkas iš viso turi šešis pavaduotojus. Kiekvienas iš jų vadovauja jam priskirtam padaliniui.
Tai aukščiausios iki šiol ES Tarybos Generaliniame sekretoriate turėtos Lietuvos atstovų pareigos ir pirmosios patikėtos naujųjų ES narių atstovui. G.Bagdono kadencija truks trejus metus, vėliau jis grįš tęsti tarnybą Lietuvoje.
G.Bagdonas tarnybą Krašto apsaugos sistemoje pradėjo 1991 metais Krašto apsaugos savanorių pajėgose (KASP) Anykščių rinktinės teritoriniame gynybos štabe. 1994 m. išvyko su pirmuoju LITPLA-1 būriu į Jungtinių Tautų vadovaujamą tarptautinės taikos palaikymo operaciją Kroatijoje.
Grįžęs 1995 m. buvo paskirtas gynybos atašė Latvijoje ir Estijoje. 1998-2000 m. dirbo KASP štabe; 2000-2001 m. – Antrajame operatyvinių tarnybų departamente prie KAM, o nuo 2001 m. sausio mėn. iki 2007 m. sausio mėn. vadovavo šiam departamentui.
G.Bagdonas yra baigęs Kauno technologijos universitetą ir įgijęs energetiko specialybę, Vilniaus universiteto Tarptautinių santykių ir politikos mokslų institute – politikos mokslų magistro laipsnį. Taip pat baigė NATO gynybos koledžą Romoje, studijavo Baltijos gynybos koledže Tartu, įvairius žvalgybos kursus JAV, Didžiojoje Britanijoje, taip pat specializavosi kovos su terorizmu srityje Vokietijoje.