Savo pasitraukimą A.Kundrotas motyvavo tuo, kad pastaruoju metu visas jėgas teko skirti ne darbui, o įvairiems pasiaiškinimams.
„Visada stengiausi, kad Aplinkos ministerijos kuruojami sektoriai būtų prižiūrimi profesionaliai, griežtai laikantis įstatymų, gerbiant visuomenės, o ne siaurus asmeninius interesus, - išplatintame pranešime spaudai cituojamas A. Kundrotas. - Niekada neužsiminėjau populizmu ir saugojau aplinkos sistemą nuo tarnystės politikų ar verslo užgaidoms. Pastarųjų metų patirtis rodo, kad vis daugiau laiko ir pastangų tenka skirti įvairiems paaiškinimams ir pasiaiškinimams ir vis mažiau tikriems darbams.
Blogiausia, kad į tokią polemiką per mano asmenį neišvengiamai įtraukiami ir ministerijoje dirbantys žmonės, kurie, aiškindamiesi dėl ankstesnių Aplinkos ministerijos sprendimų, nebeturi laiko kokybiškai atlikti naujų."
Socialdemokratui A.Kundrotui praėjusiais metais du kartus buvo surengta interpeliacija. Gruodžio pabaigoje ministras savo poste išliko tik per plauką. Už tai, kad jis būtų atstatydintas, slaptai balsavo 70 Seimo narių.
Interpeliacija A.Kundrotui labiausiai grasino konservatoriai - esą dėl ministro kaltės Lietuva vėluoja panaudoti Europos finansinę paramą.
A.Kundroto ir R.Žakaitienės postai pernai svyravo du kartus. Praėjusių metų vasarą „darbiečiai" juos norėjo nuversti už tai, kad pritarė „Alitos" privatizavimui.
44 metų A.Kundrotas buvo trijų vyriausybių nariu - ministrų kabinetui priklauso nuo 2001 liepos, kai vyriausybę buvo patikėta suformuoti Algirdui Brazauskui.