Pasak valstybės kontrolierės Rasos Budbergytės, programoje numatytiems
tikslams įgyvendinti stinga konkrečių priemonių, nepakankama programos
vykdymo kontrolė, nepilnai panaudotos iš valstybės biudžeto finansuojamų
institucijų ir visuomeninių organizacijų galimybės. Už kovą su korupcija
atsakingos institucijos neturi duomenų, kiek lėšų išleista šios programos
įgyvendinimui.
Nacionalinės kovos su korupcija programos įgyvendinimą organizuoja
Vyriausybė kartu su Specialiųjų tyrimų tarnyba.
Auditoriai atkreipė dėmesį, kad iki šiol programoje nesuformuluota tiksli
ir aiški korupcijos sąvoka, todėl programą įgyvendinančios institucijos
kartais skirtingai suvokia reiškinį, su kuriuo jos turi kovoti.
Nustatyta, kad rengiant ir tikslinant programos priemonių planą nebuvo
pakankamai įvertinti korupcijos prielaidos ir paplitimas. Pavyzdžiui, pagal
2005 metų visuomenės apklausos rezultatus, viena iš labiausiai korumpuotų
buvo įvardyta Kelių policija (dabar - Eismo priežiūros tarnyba), tačiau 2006
m. patvirtintame plane nebuvo numatyta priemonių, orientuotų į korupcijos
prielaidų pašalinimą šioje srityje. Vėlesnė apklausa parodė, kad ši sritis
vertinama kaip dar labiau korumpuota.
Vėluojama tobulinti galiojančius teisės aktus: dar prieš penkerius metus
buvo numatyta patikslinti teisės aktus, reglamentuojančius korupcijos
prevenciją, licencijų išdavimą, viešųjų pirkimų organizavimą, parengti
naujos redakcijos Lobistinės veiklos etikos kodeksą, Visuomenės informavimo
įstatymo pakeitimus, kitus teisės aktus. Tačiau tai iki šiol nepadaryta.
Auditorių nuomone, kovoje su korupcija būtina stiprinti visuomenės
švietimą. Nors per penkerius metus pranešimų skaičius apie galimus
korupcinius nusikaltimus padidėjo, tačiau apklausos duomenimis apie tokį
nusikaltimą praneštų tik kas ketvirtas gyventojas, ir net 82 proc. gyventojų
bei 65 proc. verslo įmonių vadovų nežinotų, kur su tokiu pranešimu kreiptis.