Pagrindinė funkcija, kurią, atsižvelgdamas į NATO šalių patirtį, štabas perėmė iš Lietuvos kariuomenės pajėgų rūšių – vykdyti tarptautinių operacijų planavimą, valdymą ir palaikymą.
„Jungtinio štabo įkūrimas – vienas pirmųjų Lietuvos kariuomenės transformacijos žingsnių, kuriuo aiškiai atskiriamas strateginis, operacinis ir taktinis kariuomenės valdymo lygiai. Įkūrus Jungtinį štabą bus užtikrintas vieningas vadovavimas Lietuvos kariuomenės pajėgoms, dalyvaujančioms tarptautinėse operacijose,“ – sakė brigados generolas Algis Vaičeliūnas, kuris šiam štabui pradėjo vadovauti nuo jo įkūrimo pradžios šių metų balandžio 23 d.
Šiuo metu tarptautinėse operacijose tarnauja apie 250 Lietuvos karių. Lietuva dalyvauja NATO, Europos Sąjungos bei Europos saugumo ir bendradarbiavimo organizacijos vadovaujamose operacijose: Afganistane, Kosove, Bosnijoje ir Hercegovinoje, Irake, Gruzijoje bei Čade ir Centrinės Afrikos Respublikoje.
Planuojama, kad nuo kitų metų pradžios Jungtinis štabas perims visų karinių operacijų, jungtinių ir tarptautinių mokymų planavimą, vykdymą ir palaikymą, vykdys kariuomenės pajėgų ir atskirų karinių vienetų veiklos koordinavimą ir kovinės parengties būklės kontrolę.
Taip pat koordinuos ir kontroliuos kovinį rengimą, karinių vienetų dalyvavimą karinio bendradarbiavimo programose, rengs jungtinių pajėgų, kariuomenės pajėgų rūšių bei funkcinių sričių doktrinas ir taktikos vadovėlius.