Po nepriklausomybės atgavimo bažnyčiai buvo atiduoti buvusios „Nuklono“ gamyklos kultūros namai. Ir nuo to laiko vis planuota Pietiniame mikrorajone statyti bažnyčią. Statybos laikotarpiu bažnyčia glaudėsi Dainų poliklinikos patalpose.
Bažnyčios idėjos ir projekto autoriai — šiauliečiai architektai Darius Jakubauskas ir Andrius Vernys. Šiedu specialistai jau turėjo sakralinės paskirties objektų statybos patirties, nes prieš kelerius metus suprojektavo Palendrių (Kelmės r.) kaime iškilusį Šv.Benedikto vienuolyną. Beveik visus darbus atliko Šiaulių įmonės. Iš viso dirbo 12 šiauliečių bendrovių. Iš pradžių skaičiuota, jog komplekso statyboms reikės ne mažiau 15 milijonų litų, bet pastatyta už 9,2 milijono litų. Sulaukta paramos iš miesto Savivaldybės, visuomeninių klubų, mieste veikiančių įmonių, verslininkų, gyventojų.
Vietinių rėmėjų dėka bažnyčiai pavyko įsigyti ir unikalų karilioną. Olandijoje lietiems aštuoniems varpams nupirkti pinigų paaukojo visi trys Šiauliuose veikiantys „Rotary“ klubai.
Bažnyčios komplekso kaina siekia 9,2 mln. litų. Dėl lėšų trūkumo (370 tūkst. litų) neužbaigti įrengti parapijos namų ir klebonijos pastatai. Statyba finansuota už 10,5 mln. litų pardavus pastatą ir sklypą Aido g. 1 mln. litų išleista naujajam sklypui Lyros-Gegužių g. kampe įsigyti.
Bažnyčioje sumontuoti olandų meistrų „Johannus“ pagaminti 24 registrų 3 manualų vargonai „Monarke Sonate“. Bažnyčioje, kurios grindys išklotos iš Kinijos atgabentomis granito plokštėmis (UAB „Arsenalas“), įrengtas grindinis šildymas. Šilumą tiekiama iš pagalbinėse patalpose sumontuotos dujinės katilinės. „Pritrūkome pinigų parapijos namų ir klebonijos įrengimui užbaigti, bet tai netemdo šventės džiaugsmo – svarbiausia, kad mūsų parapijos tikintieji turės savo maldos namus“, – tvirtino pastatytos bažnyčios klebonas Vytautas Kadys.
Architektas D.Jakubauskas neslėpė, kad bažnyčios vizija - maldai suglausti delnai - jį aplankė sapne. „Tik atrodo, kad maldos namus dėl aiškios koncepcijos sukurti paprasta. Iš tikrųjų reikia gerai pasukti galvą, kad viskas derėtų tarpusavyje, o statinys įsilietų ir į aplinką“, - sakė architektas D.Jakubauskas. Architektų sumanymu, tai — tarsi architektūrinė biblinio Nojaus laivo užuomina. Dėl lėšų stygiaus ne viskas įgyvendinta taip, kaip buvo planuota. Laikinai atsisakyti nutarta ir mažosios architektūros akcento - nuo dviračio nulipusio popiežiaus Jono Pauliaus II skulptūros. Šį elementą buvo pasiūlę bažnyčią projektavę architektai.
Bažnyčios akcentas — lenkų meistrų iš granito masės nulieta 4 metrų Švč. Mergelės Marijos skulptūra pastatyta altorinėje dalyje. Adoracijos koplyčia papuošta Romoje mokslus baigusios kaunietės dailininkės Jūratės Urbanavičiūtės tapyta freska ir dviem prie altoriaus pakabintais paveikslais „Dievo gailestingumas“ ir „Šv. Juozapas“. Šį projektą rėmė Šiaulių vyskupas Eugenijus Bartulis.