Lietuvos vyriausiasis administracinis teismas abejojo, ar uosto rinkliavos rūšys ir jos dydžiai, maksimalūs dydžiai, taikymo principai galėjo būti nustatyti ginčijamu Vyriausybės nutarimu, o ne Seimo priimtu įstatymu.
Konstitucinis Teismas, aiškinęsis, ar uosto rinkliavos laikytinos Konstitucijoje nurodytais valstybiniais mokesčiais ir kitais privalomais mokėjimais bei rinkliavomis, kurie pagal Konstituciją turi būti nustatomi įstatymu, pažymėjo, kad nei pagal Mokesčių administravimo įstatymą, nei pagal Rinkliavų įstatymą uosto rinkliava nebuvo ir nėra mokestis ar valstybės rinkliava.
KT konstatavo, kad Klaipėdos valstybinis jūrų uostas yra valstybės įmonės Uosto direkcijos, vykdančios komercinę ir ūkinę veiklą, valdomas valstybės turtas. Uosto rinkliavos yra įmokos už uosto suteikiamas paslaugas, kurios yra ne valstybės biudžeto pajamos, o Klaipėdos valstybinio jūrų uosto lėšos, naudojamos uosto eksploatavimo, plėtros ir kitoms išlaidoms, susijusioms su uosto veikla, finansuoti.