Auditorių nuomonė yra sąlyginė, nes jie neturėjo galimybės įvertinti kai kurių pagrindinių valdymo ir kontrolės sistemų elementų praktinio veikimo.
Pasak valstybės kontrolierės Rasos Budbergytės, kai kurie audito metu nustatyti faktai rodo, kad valstybės institucijos turėtų pagerinti lėšų valdymą ir sustiprinti jų naudojimo kontrolę.
Valstybės kontrolierės nuomone, ES struktūrinės paramos lėšas Lietuva 2008 m. naudojo lėtai, iki 2009 metų pradžios buvo panaudota tik 705 mln. litų, arba 2,26 proc. visų numatytų panaudoti lėšų. Tačiau ir šios lėšos iki 2009 m. pradžios nebuvo deklaruotos Europos Komisijai, todėl auditoriai negalėjo atlikti jų panaudojimo vertinimo. Lėšų naudojimą programavimo laikotarpio pradžioje labiausiai stabdė užsitęsęs teisės aktų rengimas tiek ES, tiek Lietuvos institucijose.
Vertindami lėšų valdymo ir kontrolės sistemą auditoriai nurodė, kad nebuvo aiškiai apibrėžtos valstybės institucijų funkcijos, neaiškiai formuluojamos užduotys, nepakankama jų vykdymo priežiūra. Auditoriai atkreipė dėmesį, kad nepatvirtintos taisyklės, reglamentuojančios neteisėtai išmokėtos finansinės paramos grąžinimo procesą. Be to, pasiūlyta imtis priemonių, kad projektai nebūtų finansuojami iš kelių šaltinių.
Per 2007-2013 metų finansavimo laikotarpį Lietuva iš Europos Sąjungos Regioninės plėtros, Sanglaudos ir Socialinio fondų gaus 23 mlrd. litų paramos, kuri skiriama žmogiškųjų išteklių plėtrai, ekonomikos augimui, sanglaudos skatinimui ir techninei paramai.
Šias veiksmų programas valdo ir kontroliuoja trys Finansų ministerijos departamentai, o jas įgyvendinant dalyvauja 16 valstybės institucijų. Valstybės kontrolė Seimo pavedimu atlieka paramos panaudojimo auditą ir teikia Europos Komisijai metines audito ataskaitas.