Parapijos nuosavybė, kaip ir visa kita bažnytinė nuosavybė Lietuvoje, okupacinės sovietų valdžios aktais, paskelbtais 1940, 1941 ir ypač 1948 metais, buvo nacionalizuota ir perduota vietos liaudies taryboms, jų komunaliniam fondui.
Tokiu būdu Vandžiogalos parapija neteko 25 ha žemės, bažnyčios pastato, varpinės, klebonijos ir špitolės.
Bažnyčios pastatas nebuvo uždarytas, tikinčiųjų bendruomenė juo naudojosi per visą sovietmetį „neatlygintinai“ ir mokėjo netipines, kelis kartus didesnes nei buvo įprasta įmokas už „draudimą“.
Po 20 Nepriklausomybės metų parapija pagaliau įsiteisino bažnyčios pastatą.