Pertvarkytoje FNTT struktūroje vietoj šalies apskrityse buvusių 20 padalinių penkių apygardų principu veiks Vilniaus, Kauno, Klaipėdos, Šiaulių ir Panevėžio teritorinės valdybos, o centrinį FNTT padalinį sudarys Analizės ir prevencijos, Specialiųjų užduočių ir Administravimo valdybos.
Be to, įsteigtas tiesiogiai FNTT direktoriui pavaldus Imuniteto ir kontrolės skyrius.
Tirti regioninius, tarpregioninius ar tarptautinio pobūdžio nusikaltimus, organizuotų susivienijimų nusikalstamas veikas nuo kovo 1 dienos pavedama Specialiųjų užduočių valdybai.