Auditorių nuomone, vykdydama Lietuvos kaimo plėtros 2007-2013 m. programos viešinimą šalies žiniasklaidoje, ministerija šias paslaugas pirko nepagrįstai pasirinkusi neskelbiamų derybų būdą ir jas įsigijo iš vienintelio teikėjo, be to, tinkamai nekoordinavo kartu su Nacionaline mokėjimo agentūra vykdomų viešinimo darbų.
Pasak Valstybės kontrolierės Giedrės Švedienės, ilgas nustatytų teisės aktų pažeidimų sąrašas liudija, kad ministerijoje atliekant viešuosius pirkimus būtina stiprinti vidaus kontrolės procedūras.
Daugiausia pažeidimų nustatyta atliekant administracinio pastato Vilniuje rekonstrukcijos darbų pirkimus 2006-2007 metais. Auditoriai nurodė, kad ministerija supaprastinto atviro konkurso metu neatmetė tiekėjo pasiūlymo, pakeitusio projekte nurodytus techninius sprendimus ir neatitinkančio konkurso sąlygų, o pripažino, kad šis pasiūlymas atitinka pirkimo dokumentuose nurodytus reikalavimus ir paskelbė jį laimėjusį.
Sudarydama sutartį su tiekėju ministerija nenustatė kainos perskaičiavimo sąlygų. Kai kuriuos numatytus darbus, kuriems tiekėjas atviro konkurso metu pateikė nepagrįstai mažas kainas, ministerija pakartotinai pirko neskelbiamų derybų būdu iš to paties tiekėjo.
Ministerija nepagrįstai priėmė sprendimus pirkti projekte nenumatytus ir papildomus darbus.
Ministerija neracionaliai panaudojo automobilių nuomai skirtas lėšas, nes 2009 m. vykdyto konkurso sąlygose numatė konkurenciją ribojančius reikalavimus, kurių visa konkurso sąlygose numatyta apimtimi neužsakė. Valstybės kontrolė apie šį pažeidimą informavo Viešųjų pirkimų tarnybą.