Audito metu nustatyta, kad Centras su darbuotojais pasirašydavo autorines sutartis dėl darbų, jau įtrauktų į pareiginius nuostatus, ir užduočių, kurios neatitiko autorių teisių objekto reikalavimų. Todėl valstybiniai auditoriai negalėjo įvertinti, ar biudžeto lėšos buvo panaudotos ekonomiškai ir pagrįstai.
Auditoriai pažymėjo, kad Centras pernai vykdė veiklą, aiškiai nenustatęs veiklos prioritetų, nebuvo patvirtinęs mokslinio tiriamojo darbo strategijos, nenusistatęs mokslinio tiriamojo darbo krypčių.
Valstybės kontrolė, skatindama Centro veiklos efektyvinimą, pateikė rekomendacijas. Centras jas įgyvendino: nustatė veiklos prioritetus, mokslinio darbo kryptis 2011 m., daug dėmesio skiria autorinių sutarčių poreikio planavimui ir jų sudarymo mechanizmui tobulinti; Centro taryba skyrė drausmines nuobaudas atsakingiems asmenims, kurie rengė investicinio projekto dokumentus dėl papildomų darbų įsigijimo, netaikydami Viešųjų pirkimų įstatyme nustatytų pirkimo būdų.
Įvertinę Centrui pavaldžios įstaigos - Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo, aukų rėmimo ir atminimo įamžinimo fondo veiklą, valstybiniai auditoriai nustatė, kad biudžeto lėšos galėtų būti naudojamos racionaliau ir ekonomiškiau. Auditoriai rekomendavo fondo išlaikymo išlaidas optimizuoti įvertinant Centro struktūrą ir funkcijų dubliavimąsi, o asmenų aptarnavimą vykdyti vieno langelio principu.