Auditoriai nurodo, kad ministerija nesiėmė reikiamų priemonių 1993 m. pradėtam Valstybinės Vilniaus zonos vaistinių įmonės likvidavimui užbaigti ir neturi reikiamos informacijos apie visas jos įsteigtas valstybines įmones ir jų disponuojamą valstybei nuosavybės teise priklausantį turtą. Ministerijai pasiūlyta surinkti tikslią informaciją apie minėtame nutarime nurodytų 174 vaistinių likimą. Kai kurios jų reorganizuotos į privačias ar savivaldybės įmones, kitos jau likviduotos ar išregistruotos, tačiau ne apie visų valstybinių vaistinių reorganizavimą žinoma arba informacija apie jų veiklą negauta.
Auditoriai, Sveikatos apsaugos ministerijoje, kuriai 2010 metais iš valstybės biudžeto programoms vykdyti buvo skirta 2,6 mlrd. Lt, atlikę finansinį ir teisėtumo auditą, turėjo reikšmingų pastabų dėl konsoliduotųjų biudžeto vykdymo ataskaitų rinkinio ir kitų ataskaitų duomenų bei dėl valstybės lėšų ir kito turto valdymo teisėtumo.
„Ministerijoje pasigedome reiklumo, kontroliuojant valstybės lėšų ir kito valstybės turto naudojimą. Dauguma audito metu teiktų rekomendacijų jau įgyvendinta. Tikimės, kad ir toliau bus imamasi priemonių dėl skolų, perimtų iš Vilniaus miesto savivaldybės ir Šiaulių apskrities viršininko administracijos, ir dėl kitų audito ataskaitoje nurodytų problemų“, - sakė valstybės kontrolierė Giedrė Švedienė.
Ministerija, vykdydama Vyriausybės nutarimus, finansinius įsipareigojimus iš Vilniaus miesto savivaldybės ir likviduojamos Šiaulių apskrities viršininko administracijos perėmė neįsitikinusi įsiskolinimo sumų pagrįstumu.
Auditoriai turėjo pastabų, susijusių su likviduotų apskričių perduotu turtu - perimtos nuomos sutartys neįvertintos ekonominio naudingumo požiūriu, o kai kurios jų sudarytos pažeidžiant teisės aktus.
Valstybės kontrolė ministerijai nurodė, kad nepakankamai kontroliuojamos pajamos, kurias sveikatos priežiūros įstaigos perveda ministerijai už įvairiems ūkio subjektams išnuomotą nekilnojamąjį turtą.
Atkreiptas dėmesys, kad perkant Finansų valdymo ir apskaitos sistemos diegimo bei aptarnavimo ir priežiūros paslaugas bei ministerijos kontroliuojamos VšĮ Vilniaus universiteto ligoninės Santariškių klinikų statybos darbus buvo pažeistas Viešųjų pirkimų įstatymas.