Seimo narių įsitikinimu, Ligito Kernagio vadovaujama komisija savo veikla galimai pažeidė Konstitucijoje įtvirtintą valdžių atskyrimo principą ir nuostatą, kad teisingumą Lietuvoje vykdo tik teismai, taip pat ši komisija pažeidė pačios Antikorupcijos komisijos įstatymą, kuriame nustatytos veiklos kompetencijos ribos, baigtinis uždavinių sąrašas ir įtvirtintas draudimas kištis į teisėsaugos institucijų ir teismų veiklą.
Pasak liberalcentristų, Antikorupcijos komisijos įstatyme yra įtvirtinta, kad komisija tiria korupcines apraiškas valstybės valdymo institucijose, tačiau, kaip paaiškėjo iš komisijos išvadų, ji korupciniu požiūriu vidaus reikalų ministro įsakymo dėl FNTT vadovų atleidimo visai netyrė.
Be to, komisija savo tyrimo pradžioje nenustatė aiškaus tyrimo objekto, taigi vėliau, galimai pažeidžiant procedūras, tyrimo objektų skaičių nuolat plėtė.
Taip pat Seimo nariai atkreipė dėmesį į tai, kad Antikorupcijos komisija, nusprendusi išplėsti savo tyrimo ribas ir įgaliojimus, tam turėjo gauti Seimo sutikimą (kaip tai yra padariusi specialioji tyrimo komisija „Snoro“ bankroto aplinkybėms tirti). „Tuo tarpu Antikorupcijos komisija tokių Seimo įgaliojimų negavo, taigi veikė be jų“, - sako kreipimosi iniciatoriai.
Be to, V. Babiliui ir V. Valkiūnui, kurie LiCS frakcijos buvo deleguoti į Antikorupcijos komisiją, daug abejonių sukėlė tai, kad komisijos pirmininkas ir kai kurie kiti nariai viešino ir komentavo tyrimą, o tai prieštarauja šios komisijos įstatymo ir Valstybės ir tarnybos paslapčių įstatymo nuostatoms.
„Taip pat komisijos nariai viešai kvestionavo kompetentingų institucijų medžiagos įslaptinimo būtinumą ir taip galimai pažeidė Valstybės politikų elgesio kodekse įvirtintus pagarbos žmogui ir valstybei, atsakomybės, nešališkumo ir kt. principus“, - sako V. Babilius ir V. Valkiūnas.
Taip pat, kaip nurodo Seimo nariai, komisijos atliekamame tyrime dalyvavo parlamentarai, kurie nėra gavę teisės dirbti su slapta informacija, taigi prašoma ištirti, ar taip nebuvo nusižengta Valstybės ir tarnybos paslapčių įstatymui, taip pat, kokią įtaką šio reikalavimo nepaisymas padarė komisijos narių kvorumui ir balsavimui už parengtas išvadas.
Pasak V. Babiliaus, Antikorupcijos komisijos kovo 10 d. kreipimasis į Vyriausybę, siūlant ministro Raimundo Palaičio įsakymus (dėl minėtųjų FNTT teisės dirbti su įslaptinta informacija panaikinimo ir dėl jų atleidimo iš darbo) atšaukti nelaukiant teismo sprendimo, taip pat gali būti vertinamas kaip įgaliojimų viršijimas.