Konstitucijos 29 straipsnis taip pat nurodo, kad „Žmogaus teisių negalima varžyti ar teikti jam privilegijų tikėjimo pagrindu.“
Konkrečios religijos (šiuo atveju krikščionybės) įvardijimas ir jos reikšmės mažėjimo visuomenėje pripažinimas grėsme nacionaliniam saugumui Nacionalinio saugumo strategijos (toliau – Strategija) 13 punkto 6 papunktyje pažeidžia Konstitucijos nuostatą, jog Lietuvoje nėra valstybinės religijos, bei diskriminuoja kitų religijų išpažinėjus ir netikinčius asmenis.
Nėra jokio pateisinamo pagrindo sieti nacionalinį saugumą su konkrečia religija, todėl Strategija nepagrįstai riboja žmogaus teises ir laisves įtvirtintas Konstitucijos 26 ir 29 straipsniuose. Siūloma Strategijos formuluotė gali kurstyti religinę nesantaiką, nes ja iškeliami vienos religijos išpažinėjai aukščiau kitų piliečių, paneigiama bendražmogiškųjų vertybių reikšmė.
Išimtinio statuso suteikimas vienai religijai sukuria Strategijos ir Lygių galimybių įstatymo, draudžiančio teikti privilegijas ar bloginti atskirų religinių grupių situaciją, koliziją, todėl, neišbraukus šios nuostatos, Strategija pažeis teisinio tikrumo ir nuoseklumo principą.
Svarbu pabrėžti, kad tokiai 13.6 punkto formuluotei nepritarė Žmogaus teisių komitetas. Seimo Teisės departamentas net nekėlė klausimo dėl galimo Strategijos prieštaravimo Konstitucijai. Todėl šios nuostatos konstitucingumas nebuvo svarstytas ir Seimo Teisės ir teisėtvarkos komitete. Būtina pabrėžti tai, kad pagrindinis Nacionalinio saugumo ir gynybos komitetas nesvarstė Lietuvos skeptikų draugijos pasiūlymo turinio taisyti galimai Konstitucijai prieštaraujančią nuostatą ir apsiribojo formaliais argumentais, todėl šios nuostatos atitikimas Konstitucijai liko iš esmės neįvertintas.
Pastebėtina, kad krikščioniškųjų vertybių įterpimas į Nacionalinio saugumo strategiją neatitinka Seimo išreikštos pozicijos ratifikuojant Sutartį dėl Konstitucijos Europai, kurioje sąmoningai buvo atsisakyta vienos ir konkrečios religijos įvardijimo ir išaukštinimo. Europos Konstitucijos kūrėjai vadovavosi visų žmonių lygybės idėja ir bendražmogiškosiomis vertybėmis, kurios nepriklauso tik vienai religijai.