Valstybiniai auditoriai nustatė, kad Valstybinė mokesčių inspekcija mokesčių fondo buhalterinę apskaitą tvarkė ir 2011 m. finansines ataskaitas teikė nesilaikydama Buhalterinės apskaitos įstatymo ir Viešojo sektoriaus atskaitomybės įstatymo reikalavimų, nes nuo 2010 m. sausio 1 d. iki 2011 m. birželio 1 d. mokestinius įvykius ir kitas ūkines operacijas apskaitoje registravo netaikydama dvejybinio įrašo ir kaupimo principo, nenustatė apskaitos registrų formos, turinio ir jų skaičiaus, metinį ir tarpinius finansinių ataskaitų rinkinius teikė nesilaikydama nustatytos tvarkos.
Valstybės kontrolierė dėl reikšmingų teisės aktų pažeidimų tvarkant Valstybinės mokesčių inspekcijos mokesčių fondo apskaitą priėmė sprendimą, kuriuo įpareigojo finansų ministrą pažeidimus padariusius asmenis traukti tarnybos ar drausminėn atsakomybėn.
Atlikę audito procedūras Muitinės mokesčių fonde, reikšmingų klaidų valstybiniai auditoriai nenustatė ir konstatavo, kad šio fondo finansinių ataskaitų rinkinys rodo tikrą ir teisingą fondo finansinę būklę, 2011 m. veiklos rezultatus, grynojo turto pokyčius ir pinigų srautus.