Vienuolyno pastatų nusavinimo istorija prasidėjo, kai sovietmečiu nacionalizuotas vienuolyno turtas buvo perduotas naudoti Profesinių sąjungų tarybai, o šioji minimu turtu leido naudotis Lietuvos mokslo techninėms draugijoms. Prasidėjus Atgimimui, Lietuvos mokslo techninių draugijų suvažiavimas nusprendė atsisakyti pavaldumo sovietinėms organizacijoms ir buvo reorganizuotas į Lietuvos mokslo ir technikos draugijų asociaciją (LMTDA).
1991 metų liepos 2 dieną LMTDA kartu su kitais asmenimis pasirašė bendrovės „Mokslo ir technikos rūmai“ steigimo sutartį, kurios pagrindu 1991 metų liepos 11 dienos aktu steigiamos bendrovės akcijas apmokėjo nepiniginiu įnašu - vienuolyno pastatais.
Ieškovas Mažesniųjų brolių konventualų (pranciškonų) ordino vienuolynas 2004 metų liepos 14 dieną kreipėsi į teismą ir prašė panaikinti pastatų teisinę registraciją atsakovo „Pranciškonų rūmai“ vardu ir įpareigoti atsakovą grąžinti šiuos pastatus valstybei.
Ginčai teismuose truko beveik devynerius metus. LAT byla nagrinėta pagal atsakovo „Pranciškonų rūmai“ kasacinį skundą.
LAT konstatavo, kad tuo metu, kai vyko ginčas dėl pastatų perleidimo galiojo įstatymas „Dėl maldos namų bei kitų pastatų grąžinimo religinėms bendruomenėms“. Pagal jo nuostatas turėjo būti aišku, kad ginčo pastatai grąžintini religinei bendruomenei ir negali būti perleisti privačion nuosavybėn.
Vyriausybė šioje byloje palaikė Mažesniųjų brolių konventualų (pranciškonų) ordino vienuolyno ieškinio reikalavimus.
