Naujieji misijos uždaviniai – vykdyti vystomojo bendradarbiavimo veiklą, prisidėti prie Afganistano civilinių ir karinių pajėgumų stiprinimo ir prireikus atlikti 1961 metų Vienos konvencijos dėl diplomatinių santykių 3 straipsnio 1 dalyje nurodytas diplomatinės atstovybės funkcijas.
2005-aisiais specialioji misija buvo išsiųsta dalyvauti Afganistano Goro provincijos atkūrimo grupės veikloje. Praėjusiais metais atkūrimo grupė visiškai perdavė atsakomybę už saugumą Afganistano valdžios institucijoms bei nacionalinio saugumo pajėgoms ir baigė savo veiklą.
Specialiosios misijos veikla nuo jos įsteigimo 2005 m. išsiplėtė ir šiuo metu taip pat apima bendradarbiavimą Afganistane – Europos Sąjungos, NATO, Jungtinių Tautų ir kitokio dvišalio bei daugiašalio bendradarbiavimo pagrindu. Specialioji misija taip pat įgyvendina ir koordinuoja vystomojo bendradarbiavimo veiklą ir prireikus atlieka 1961 metų Vienos konvencijos dėl diplomatinių santykių 3 straipsnio 1 dalyje nurodytas funkcijas.
Misijos veiklą siūloma pratęsti atsižvelgiant į Lietuvos Respublikos įsipareigojimus, numatytus tarptautiniuose Bonos (2011), Čikagos (2012), Tokijo (2012) ir kituose susitarimuose dėl paramos teikimo Afganistanui, JT vaidmenį palaikant tarptautinę taiką ir saugumą Afganistane, taip pat siekiant aktyviai dalyvauti formuojant ir įgyvendinant JT ir NATO politinį siekį užtikrinti kolektyvinį saugumą.
