Nuo VIII a. pr. m. e. iki XIX a. šioje teritorijoje gyveno lietuviams artima baltų tauta – jotvingiai. Nuo XIII-XIV a. iki 1795 m. kaimas priklausė Lietuvos Didžiajai Kunigaikštystei. Kaimą su Merkine jungė vadinamasis Vygrių traktas, kuriuo į medžioklę atjodavo Lietuvos didysis kunigaikštis Vytautas. Beveik iki pat XX a. Vygriuose lietuviai buvo dauguma. XIX a. pradžioje buvo Vygrių apskritis, priklausiusi Naujiesiems Rytprūsiams. Pagal 1920 m. liepos 12 d. Lietuvos ir Tarybų Rusijos taikos sutartį kaimas buvo priskirtas Lietuvos Respublikai. Pagal 1921 m. lenkų valdžios atliktą gyventojų surašymą kaime gyveno 37 žmonės, iš kurių 34 lenkai ir 3 lietuviai.Vygriuose palaidotas Mykolas Pranciškus Karpavičius, žymus Lietuvos pamokslininkas. 1975-1998 m. priklausė Suvalkų vaivadijai. 1997 m. pasirašyta Vygrių deklaracija.Tikėtina, kad kaimo pavadinimas kilęs nuo Vygrių ežero pavadinimo, kuris kilęs nuo lietuvių kalbos žodžio Vingrus. Ežero forma primena S raidę, todėl ir ežeras anksčiau vadinosi Vingriai (Wingry).Kaime yra Kamendulų vienuolių vienuolynas. Šiuo metu vienuolyne veikia kurybinių darbų centras. Senojoje eremitijoje yra svečių namai. Vienuolyno patalpose įregtas restoranas, šiuolaikinio meno galerija vaikams ir Jono Pauliaus II biblioteka, kuri buvo įrengta po jo apsilankymo 1999 m. Vienuolyne taip pat vyksta kultūriniai renginiai, kocertai kaip, pvz., "Nowej Muzyki" (Naujoji Muzika). Barokinio stiliaus vienuolynas yra populiarus tarp medaus mėnesį švenčiančių sutuoktinių ir grigališkojo choralo mėgėjų. Vienuolyno kriptoje palaidoti apie 40 eremitų vienuolio, o pačioje kriptoje yra mirties šokio paveikslas, kuriame vaizduojama giltinė kviečianti vienuolį šokti. Vienuolyno apylinkėje yra daug svečių namų ir stovyklaviečių. Kasmet rugpjūčio 15-16 dienomis kaime ir vienuolyne vyksta šventinė mugė.(Vikipedia)